Итоги тайной войны за 1939 год были подведены в специальной сводке погранвойск НКВД Читинского округа. К сожалению, нет аналогичных итоговых документов (в открытой печати) по Хабаровскому и Приморскому пограничным округам. В этой сводке отмечалось, что конец 1938-го и весь 1939 год характеризовались усилением деятельности японских разведывательных органов, дислоцированных против Читинского округа. На советскую территорию проводилась массовая выброска диверсионных банд и разведчиков. Использовались жители Маньчжурии — русские, китайцы и корейцы. В 1939 году 2-й (разведывательный) отдел штаба Квантунской армии провел специальное совещание с руководящим составом японских военных миссий. После обсуждения всех проблем были приняты практические решения, обязательные для исполнения военными миссиями, их филиалами и резидентурами. Предполагалось создание диверсионных групп и переброска их на советскую территорию для совершения диверсий. Первостепенными считались железнодорожные объекты. Предполагалось также создание маршрутной агентуры из числа перебежчиков — русских и китайцев, ранее проживавших на территории СССР, которых должны были забрасывать на нашу сторону. И, конечно, дезинформация через своих агентов-двойников.
Это были дополнительные задачи по активной разведке, и для выполнения военными миссиями был значительно увеличен отпуск денежных и материальных средств. Основной же задачей деятельности японской разведки на нашей территории являлась разведка военно-политического и экономического состояния Забайкалья. Японские разведчики, работавшие в этом районе, стремились добыть сведения о частях РККА, находящихся на забайкальском направлении, их дислокации, численности и нумерации. Очень интересовали японскую разведку военно-воздушные силы Забайкалья: их численность, типы самолетов, места расположения аэродромов и посадочных площадок. Не оставались без внимания укрепленные районы и новое строительство, особенно на Даурско-Читинском направлении. И, конечно, состояние железных дорог, их пропускная способность. В общем, интересовало все, что было в Забайкалье. Конечно, этот район не был исключением. Такие же задачи ставились при ведении разведки и в районе Хабаровска, и особенно в районах Приморья.
Каковы были результаты работы читинских пограничников? С января по сентябрь 1939 года задержано 106 человек. Из них шпионов 36. Цифра вроде бы солидная, но русских агентов японской разведки было только трое — остальные китайцы. Японская разведка в основном перебрасывала через границу китайскую агентуру, хотя она была значительно ниже в работе по своей ценности и агентурным возможностям. Она легче выявлялась, так как в пограничной полосе не имела опорной базы. Конечно, против Забайкалья работала и русская агентура, но, как отмечалось в документе: «Мы задерживаем крайне незначительный ее процент». Итоги года были подведены в директиве от 7 декабря. В этом документе, подписанном начальником погранвойск НКВД Читинского округа, обосновывалась необходимость усиления разведывательной и контрразведывательной работы по японской линии и пересмотра планов работ разведывательных отделений погранотрядов. Такие требования были вызваны усилением разведывательной деятельности ЯВМ против СССР и массовыми забросками диверсантов и разведчиков на советскую территорию.