Германское командование, следуя указаниям Гитлера о сохранении плацдарма на Тамани как исходной позиции для последующего наступления, основательно готовилось к обороне. Основой укрепрайона, защищающего Таманский полуостров, должны были стать укрепления, впоследствии получившие в советской военно-исторической литературе название «Голубой линии». Однако в документах вермахта она именовалась иначе — «Готенкопф», что означало «Готская голова» или «Готская позиция». Видимо, подобное наименование связано с готами (одними из предков германцев) — раннехристианским народом, разорившим Рим и основавшим на территории Италии свое государство. Название «Голубая линия» упоминалось немцами только на первичной стадии разработки, затем в штабах вермахта стали применять термин «Готенкопф» или «Готская позиция». Конфигурацию немецких укреплений также определил Гитлер. Еще 28 марта 1943 года в штаб 17-й армии пришла телеграмма следующего содержания: «Фюрер решил, что 17-я армия должна удерживать „большую“ позицию „Готенкопф“ и должна включить в нее Новороссийск».
Похожее название — «Линия готов» — было у германской оборонительной полосы в Италии, после выхода последней из войны на стороне стран ОСИ. Возможно, аналогии в названиях не случайны, предположительно так были названы крайние восточный и южный рубежи обороны Германской империи, с которых Третий рейх не отойдет ни на шаг.
Немцы собирались отсиживаться на Таманском полуострове до изменения «общей обстановки» на советско-германском фронте. Ежесуточно для снабжения немецко-румынской группировки требовалось 1270 тонн грузов. С 1942 года силами инженерных войск 17-й армии вермахта над Керченским проливом стали строить подвесную канатную дорогу. Однако, не доведя до конца эту работу, опять по личному указанию Гитлера с весны 1943 года начали подготовку к строительству 5-километрового моста и нефтепровода через Керченский пролив. Последняя директива по этому вопросу пришла 21 апреля 1943 года. В ней говорилось, что мост через Керченский пролив должен быть закончен к 1 августа 1944 года
[80]. Однако «общую обстановку» уже контролировали советские войска и строительство моста так и не началось.Учитывая, что предшествовавшие наступательные операции Красной армии по прорыву немецких укреплений не дали желаемых результатов, необходимо было выбрать для удара такой участок обороны врага, который менее всего был бы защищен и где противник не ожидал нашего удара. Как показал опыт предшествовавших боев, по условиям местности и начертанию переднего края обороны противника атака укреплений «Голубой линии» в центре не могла привести к решительному успеху. На правом фланге прорыв обороны врага был маловероятен, так как приазовские плавни и плавни, расположенные между реками Кубань и Адагум, сильно стесняли действия войск и не позволяли развернуть достаточных сил.
Исходя из оценки местности и располагая данными, что оборона противника перед левым крылом фронта немного ослаблена, командующий фронтом генерал-полковник И.Е. Петров решил главный удар нанести на новороссийском направлении. Прорыв обороны противника на этом направлении и овладение перевалами Неберджаевским и Волчьи Ворота ослабляли всю систему обороны «Голубой линии» и создавали возможность окружения и полного разгрома таманской группировки немецких войск. Кроме того, при нанесении удара на этом направлении сухопутные войска имели возможность тесно взаимодействовать с Черноморским флотом.
В составе войск Северо-Кавказского фронта было четыре общевойсковых (58, 9, 56-я и 18-я) и одна (4-я) воздушная армии. К наступлению решено было привлечь три общевойсковые армии (двадцать стрелковых дивизий и четыре стрелковые бригады) и воздушную армию, а силами 58-й армии оборонять побережье Азовского моря.
При подготовке операции сухопутные войска тренировались в прорыве сильно укрепленных позиций противника на специальных учебных городках, оборудованных по типу немецкой обороны в горной местности.
Части и корабли Черноморского флота тренировались в высадке десанта и взаимодействии между группами кораблей боевого обеспечения и десантными судами. Большое внимание было уделено подготовке и тренировке торпедных катеров в уничтожении боносетевых и минных заграждений и нанесении огневого удара по противнику в районах высадки. Кроме того, проводились тренировочные занятия по организации ночного перехода кораблей, причем особое внимание уделялось организации перехода катеров десанта с буксирными плавсредствами.
К началу Новороссийско-Таманской операции на Таманском полуострове действовала 17-я немецкая армия генерала Енеке в составе 5-го армейского и 44-го егерского корпусов, 49-го горнопехотного и 5-го румынского кавалерийских корпусов (17 дивизий, 4 отдельных полка, 7 отдельных команд и 1 дивизионная группа). В первой линии на 100-км фронте оборонялись 12 дивизий, а во второй — 5. Всего в 17-й армии насчитывалось 400 тыс. человек, 2860 орудий и минометов, свыше 100 танков и штурмовых орудий, 300 боевых самолетов.