С 1 октября немецкое командование начало осуществлять второй этап эвакуации Кубанского плацдарма. Под давлением советских войск, которые с разной степенью успеха высаживали десанты и «молотили» оборону врага, германские войска «отпрыгивали» с рубежа на рубеж. Соединения, выведенные из сражения, эвакуировали в Крым. Именно в этот период произошел широко известный случай гибели лидера «Харьков» и эсминцев «Беспощадный» и «Способный» от ударов германских пикирующих бомбардировщиков из 77-й эскадры. 6 октября 1943 года наши корабли, осуществляющие операции по борьбе с немецким судоходством в акватории Керченского пролива и северной части Черного моря, были потоплены в результате многократных воздушных атак противника. После такого афронта Сталин вообще запретил применять крупные корабли без его разрешения, а активность Черноморского флота значительно снизилась.
Между тем на суше немцы отступали. В ночь на 6 октября, как уже упоминалось, была оставлена позиция под Голубицкой, на косе Тузла высадился наш десант. 8 октября командные пункты германской группировки в поселке Ильич были свернуты. Перед этим поселком для прикрытия отхода последних групп захватчиков находились 13-й горнопехотный полк, 560-й батальон специального назначения и 97-й артдивизион с 10 горными орудиями. После загрузки последней части оккупантов — 13 гпп — в полночь причалы (было всего построено 18 причалов общей длиной 1742 метра) были взорваны. 9 октября в 01.00 от берега Таманского полуострова отошла последняя лодка, которая в 02.00 прибыла в Керчь.
К 07.00 9 октября войска 56-й и 18-й армий Северо-Кавказского фронта, выйдя к Керченскому проливу, завершили освобождение Таманского полуострова, полностью очистив его от противника.
С 8 по 10 октября 1943 года четырьмя большими конвоями 240 судов противника, участвовавших в эвакуации Кубанского плацдарма, прошли из Керчи в Севастополь. Советскими самолетами была потоплена инженерно-штурмовая лодка № 299, а атакой подводной лодки — паром F-474.
Поскольку расстояние между Керченским полуостровом и Таманью было невелико, а германское командование аж с 3 сентября 1943 года начало осуществлять эвакуацию своей группировки, спасти противнику удалось многое. В боевом донесении управления 17 А по оперативному отделу № 14674/43 от 9 октября 1943 года в ходе эвакуации Кубанского плацдарма через Керченский пролив было вывезено: 177 355 немецких военнослужащих, а также 50 139 военнослужащих союзников, 28 486 «хиви» и рабочих колонн, 27 456 эвакуированных из числа гражданского населения (не считая 60 тыс. гражданских лиц, перевезенных с февраля по август), 72 899 лошадей, 27 491 гужевая повозка, 21 230 автомобилей, 1815 орудий, 115 477 тонн грузов (из них 27 670 тонн боеприпасов), 29 500 тонн продовольствия, 13 940 тонн фуража, 74 танка и штурмовых орудия. Воздушным транспортом с 7 сентября по 9 октября эвакуированы 15 661 военнослужащий и 1153,8 тонн вооружения и грузов. 109 паровозами и 1150 вагонами был вывезен весь вагонный парк полевой железной дороги, а вместе с ним — большое количество строительных материалов для ж/д.
Также немцы уничтожали всю более или менее пригодную к использованию инфраструктуру и материалы: 10 150 тонн угля, 16 500 тонн кормов, 83 300 тонн остальных грузов (из них 52 200 тонн рельсов и шпал для полевой железной дороги). 253 км рельсов и 774 метра железнодорожных мостов было взорвано. Таманский полуостров и Новороссийск были полностью разорены. Именно такую цену пришлось заплатить нам за освобождение этой благодатнейшей части российской земли.
С выходом войск к Керченскому проливу была полностью закончена Новороссийско-Таманская наступательная операция войск Северо-Кавказского фронта. В этой операции войска фронта прорвали «Голубую линию» обороны германских войск и нанесли поражение их таманской группировке, отбросив ее остатки в Крым.
В результате этой операции был окончательно ликвидирован оперативный плацдарм противника на Кубани, обеспечивавший ему оборону Крыма с востока и сковывавший значительное количество наших войск. Войска Красной армии заняли выгодное исходное положение для последующих операций по освобождению Крыма.
В этой операции советские войска нанесли тяжелое поражение 73, 79, 98, 125, 370-й немецким пехотным и 101-й егерской дивизии, 4-й горнопехотной, 19-й и 10-й румынским пехотным дивизиям, 560-му и 994-му отдельным батальонам вермахта. Тяжелые потери понесли 9-я и 50-я немецкие пехотные дивизии и 9-я румынская кавалерийская дивизия.