Вместе с французами на российскую землю пришли швейцарцы, поляки, испанцы, португальцы… В Великой армии двигались и войска германских королевств, земель и княжеств: баварцы выставили 30 тысяч солдат, Саксония – 22 тысячи гусар и пехотинцев, королевство Вюртемберг – 14 тысяч, Великое княжество Баден направило семь тысяч человек. Пруссия, которая незадолго до войны считалась союзницей русского царя, также направила войска в совместный с Саксонией армейский корпус. Австрия, где учился и имел практику Гааз, отправила против России 32 батальона и 56 эскадронов, что составило свыше 40 тысяч человек.
Но на войну с агрессором выступило и немало немцев, живших тогда в России. Был создан русско-немецкий легион, которым командовал граф Людвиг Георг Вальмоден. Были образованы две пехотные дивизии и два гусарских полка, а также конно-артиллерийская рота…
Доктор Гааз, как и тысячи российских медиков, отправился служить в армию, помогать в борьбе против захватчиков. К тому времени он достаточно свободно говорил по-русски и мог обходиться без переводчика.
Всю военную кампанию до 1814 года Фридрих Гааз находился в действующей армии, выполняя обязанности полкового врача. Когда он вместе с русскими войсками был уже в Париже, пришло сообщение, что его отец тяжело болен. Он едва успел доехать до родного городка и застать последние часы жизни отца. Фридрих Гааз тяжело перенёс его уход. Отец много сделал для его образования и становления. После смерти мужа его мать и родственники уговаривали Фридриха остаться на родине, но он настоял на своём и уехал в Россию. Его ждала новая родина, и он был предан ей до конца.
Вернувшись в 1814 году в Москву, которая восстанавливалась после катастрофичного пожара и войны, доктор Гааз более десяти лет успешно трудился главным врачом Павловской больницы и занимался частной практикой. Его авторитет и известность из года в год росли, и в 1825 году правитель Москвы князь Дмитрий Голицын принял решение доверить доктору Гаазу главное аптекарское и медицинское управление города. Иными словами, его назначили главным врачом Первопрестольной. Медицинское управление находилось в то время в храме Успения Пресвятой Богородицы, одной из самых красивых древних московских церквей, которая чудом пережила нашествие Наполеона и пожар, уничтоживший почти весь город (в 1936 году эта церковь была разрушена).
В течение года, пока Фёдор Петрович Гааз был главным врачом Москвы, он сумел добиться ремонта аптекарских складов и настоял, чтобы во всех медицинских учреждениях проводилась тщательная уборка и ежедневно поддерживалась чистота. А чтобы аптекарские склады и больницы не страдали от нашествия мышей и крыс, главный городской доктор приказал завести сотни кошек в этих заведениях, включив их в медицинский штат, и назначить их кормление за казённый счёт.
Все эти нововведения и требовательность доктора Гааза далеко не всем понравились. Воры, лишившиеся возможности опустошать казну, завистники, которым не нравились правила немецкого доктора, разными путями жаловались верховной власти и клеветали на руководителя медицинской службы города. Подобная косность и интриги против него, человека дела и гуманиста, были сильными раздражителями, которые мешали его медицинской, врачебной деятельности. Все претензии и обвинения Гааз смог отстоять в судах и во всех разбирательствах остался победителем, но доктор принял для себя окончательное решение: руководящей работой больше не заниматься. Он вернулся к главному делу своей жизни – врачеванию, лечению и помощи больным.
Но не догадывался в тот период Фёдор Петрович, что пройдут годы и судьба сведёт его с судьбами тысяч людей, оказавшихся за тюремной решёткой, закованных в кандалы и отправленных в Сибирь по этапу…
Ещё император Александр I приступил к проведению тюремной реформы в стране. В 1818 году он одобрил устав тюремного общества, административный комитет которого возглавил министр народного просвещения и духовных дел, князь Александр Голицын. В Москве отделение этого общества открылось лишь через девять лет, в 1827 году, когда московским генерал-губернатором был Дмитрий Голицын.
Тюремной реформе в России предшествовали события, связанные с приездом в страну английского врача и юриста Джона Говарда. Он прославился реформой пенитенциарной системы в Великобритании. Первый раз этот прогрессивный филантроп и исследователь приехал в Российскую империю в 1781 году. Посетив Санкт-Петербург, Москву и Херсон, он был удручён крайне неудовлетворительными условиями в российских тюрьмах и лечебных заведениях. Через восемь лет, в 1789 году, Джон Говард приехал в Россию с целью изучения условий содержания солдат, системы их наказания за проступки и причин смертности. В Европе в те годы было много пересудов по поводу жестокого обращения с солдатами в российской армии.