Два фактора способствовали тому, что Усама решил переместить всю инфраструктуру «Аль-Каиды» в Судан. Во-первых, влияние Усамы в Пакистане пошатнулось после того, как он не смог спровоцировать вотум недоверия правительству премьер-министра Беназир Бхутто, а затем не сумел ликвидировать ее, хотя и спровоцировал две попытки покушения. Во-вторых, члены «Аль-Каиды» начали уставать от безделья, поскольку на афганском фронте после ухода советских войск ничего не происходило. Они хотели переехать в Судан, надеясь "вернуться к нормальной работе там".
Затем главный офис организации вернулся в Афганистан. Согласно имеющейся информации, законспирированные ячейки организации присутствуют во многих странах мира. Цифры в авторитетных мировых изданиях колеблются от 35 до 88 стран. Однако, большинство экспертов считает наиболее вероятным наличие связей «Аль-Каиды» со следующими странами: Албания, Алжир, Афганистан, Азербайджан, Австралия, Австрия, Бахрейн, Бангладеш, Бельгия, Босния, Египет, Эритрея, Франция, Германия, Индия, Иран, Ирландия, Италия, Иордания, Кения, Косово, Ливан, Ливия, Малайзия, Мавритания, Нидерланды, Пакистан, Филиппины, Катар, Россия, Саудовская Аравия, Сомали, Южно-Африканская Республика, Судан, Швейцария, Таджикистан, Танзания, Тунис, Турция, Уганда, Объединенные Арабские Эмираты, Великобритания, США, Узбекистан, Йемен (всего-45 стран). Примерно в десяти из этих стран сторонники бен Ладена пользуются очень сильным, практически неограниченным влиянием на правящие круги.
Деньги "Аль-Каиды""Аль-Каида" получает доход от множества компаний, разбросанных по всему миру. Финансово-торговую деятельность подконтрольные бен Ладену фирмы осуществляют в 35 странах (состояние самого бен Ладена составляет около 300 млн. долларов). Наиболее крупными являются холдинги "Вади аль-Акиз" и "Ладен Интернэшнл", размеры совокупного капитала которых оцениваются в 300 млн. долларов. Сюда же можно отнести торгово-посредническую фирму "Таба Инвестмент", строительную компанию "Хиджра констракшн" и эль-Шамаль Исламик Банк. Эти и другие учреждения обеспечивают бесперебойное финансирование Аль-Каиды. Известно также, некоторые подразделения империи бен Ладена занимаются торговлей драгоценными камнями, в том числе и алмазами. До недавнего времени наиболее активная экономическая деятельность фирм бен Ладена наблюдалась в Судане. Однако, с 1996 года правительство Судана предприняло ряд мер для того, чтобы Госдапартамент США исключил эту страну из списка семи стран, поддерживающих терроризм.