Палаческая работа, жестокое обращение со стороны эсэсовцев и сознание своей неминуемой гибели вынудили зондеркомандовцев прибегнуть к вооруженному выступлению. О своем решении они поставили в известность руководство движения Сопротивления центрального Освенцима. Тогда решено было поднять всеобщее восстание. Соответственно разработали план выступления. Первый удар должны были нанести зондеркомандовцы. Им отводилась роль детонатора. Само расположение крематориев Биркенау, их отдаленность от эсэсовского городка, численность и решимость тамошних узников, их боевая готовность и сплоченность — все учитывалось при разработке плана восстания.
Их вооружили гранатами, взрывчаткой, ножницами для перерезывания колючей проволоки и приказали ждать сигнала. Самостоятельно выступить разрешалось только в случае непосредственной угрозы уничтожения.
Непредвиденные обстоятельства ускорили развитие событий.
Утром 7 октября 1944 года подпольщикам, работающим в центральной шрайштубе — главной канцелярии — а также в эсэсовских казармах, стало известно, что поступил приказ в ближайшие дни ликвидировать зондеркоманду. Эту весть сразу же передали в зондеркоманду. Ее принес узник Л. Вербель. Немедленно собрался штаб группы. Неожиданно в помещение, где заседал штаб, вошел капо. Выхода не было, отступать было поздно. Его схватили и живьем бросили в пылающую печь. После этого откопали спрятанное оружие, обезоружили и уничтожили эсэсовцев, находившихся на территории крематория, подожгли крематорий и заняли оборону в небольшом лесу за крематорием.
О начале восстания немедленно известили зондеркоманды других крематориев. Узники зондеркоманды Второго крематория также поднялись на вооруженную борьбу. Узник Л. Панец из Люблина обезоружил эсэсовца, оглушил ударом по голове и бросил его в печь крематория. Часть восставших открыла стрельбу по сторожевым вышкам, а все остальные, перерезав колючую проволоку, кинулись бежать в направлении Буды.
Эсэсовцев подняли по тревоге и вооруженных до зубов перебросили на машинах и мотоциклах к месту событий. Эсэсовцы окружили крематорий, сосредоточив главные силы около леса, где окопалась основная группа восставших. Крематорий пылал *. Вдоль ограды из колючей проволоки эсэсовцы вели бешеный пулеметный огонь. Только одной группе восставших удалось убить с десяток эсэсовцев и вырваться из огненного кольца. Они бежали по направлению Вислы. Эсэсовцы настигли их в районе Райско — в десяти или двенадцати километрах от Биркенау. Беглецы забаррикадировались в сарае лесника. Подпалив сарай, эсэсовцы перестреляли всех.
* Этот крематорий до конца существования лагеря так и не был восстановлен.
Одна группа восставших в количестве 27 человек под руководством немца-антифашиста пошла не на восток, как прочие, а на запад — на территорию Германии. Расчет был верный. Группа скрывалась до самого конца 1944 года, то есть до тех пор, пока началась эвакуация освенцимских лагерей. Их схватили в одном глухом провинциальном немецком городке. На допросе узники заявили, что бежали из эшелона во время бомбежки. В то время уже невозможно было проверить достоверность этих показаний. Англо-американская авиация почти ежедневно бомбила территорию Германии. Беглецов отправили в один из лагерей: там они и дождались освобождения.
В этой отчаянной борьбе за свободу с оружием в руках полегло несколько сот узников из зондеркоманды. Схваченных повстанцев расстреливали на территории лагеря или вблизи его, а также во дворе второго и четвертого крематориев. Из тех, кто пошел на восток, спаслись только единицы, да и то благодаря случайности: вечером того же дня над лагерем появились американские самолеты. Воздушная тревога помешала эсэсовцам прочесать территорию лагеря вместе с близлежащими окраинами.
Подпольный центр сообщил всем своим организациям о событиях в Биркенау и просил оказать беглецам всяческую помощь. Благодаря этому удалось спасти нескольких человек, находившихся в самом лагере.
Учинив кровавую расправу над восставшими, эсэсовцы не успокоились. Они хотели знать детали заговора. Хватали каждого, на кого падало малейшее подозрение, хватали десятки ни в чем не повинных людей. Лагерное гестапо прочесало все блоки и арбайтскоманды в центральном лагере и в Биркенау. С особенной жестокостью допрашивали тех, кто работал на складах боеприпасов и на крупповских военных заводах. Все узники, а среди них и женщины, держали себя чрезвычайно мужественно и никого из подпольного центра не выдали. Четырех девушек, которые работали на складе боеприпасов, эсэсовцы допрашивали особенно жестоко. Их повесили в женском секторе центрального лагеря 5 января 1945 года, почти накануне освобождения Освенцима Советской Армией.