В основу обучения положены следующие принципы, сформулированные отцом Александром: 1) центральность Христа - и при этом путь к Нему через предание и Библию; 2) автономия образования и интеллектуального труда от надзора и ограничений - и при этом верность Вселенской Церкви; 3) противостояние позитивизму - и при этом абсолютная научная добросовестность и интеллектуальная честность; 4) терпимость и открытость - и при этом честный разговор о конфессиональных различиях.
В дополнение к образовательной проводится активная издательская деятельность.
Впоследствии из Общедоступного Православного Университета выделился Библейско-Богословский Институт св. апостола Андрея. Институт этот известен, прежде всего, своей переводческой и издательской деятельностью.
Свято-Филаретовский институт открывается в 1988-ом году и поначалу работает неофициально. Регистрацию институт получил в 1992-ом году (тогда он назывался Московская высшая православно-христианская школа). В те годы преподавателей было немного. Сам отец Георгий и, как правило, те, кого он учил(44) . Но постепенно число учителей и учеников увеличивалось. Стали привлекать известных специалистов из других образовательных центров.
Учеба в институте явилась логичным продолжением для нововоцерковившихся. Складывалась прямая линия роста: миссия, катехизация, духовное образование. Важно, что в СФИ сразу стали учиться, в основном, те, кто разделяет общую общинно-братскую жизнь. Это давало возможность при изучении разных дисциплин как бы опытно, практически чувствовать реалии и плоды духовного общения, о которых многим студентам, обучающимся в других ВУЗах, приходилось догадываться лишь теоретически. Единая духовная среда, общая жизнь делали учебу яркой и увлекательной. И нередко ученики становились преподавателями, а преподаватели сидели за одной партой с учениками. С момента открытия института "три столпа" системы отца Георгия, поддерживая друг друга, заработали в полную силу. "Три столпа" - это катехизация, общинная жизнь, духовное образование. Без какого-то одного элемента вряд ли церковную жизнь можно назвать полноценной. Без катехизации не будет достаточного количества студентов, либо они будут неподготовленными, без духовного образования тем, кто прошел оглашение, не будет куда расти (а без должной интеллектуальной и духовной высоты неизбежно снизится и качество церковной жизни). Без общинно-братской жизни не будет необходимой братской среды общения, которая опытно являет Церковь. И образование тогда будет оторванным от этого опыта и неизбежно выродится в отвлеченное теоретизирование. Общинно-братская среда является тем "местом", куда воцерковляются люди в результате катехизации. Без среды общения катехизация может привести людей не в народ Божий, а в пустоту. Также общины и братства поддерживают институт (в том числе финансово, делая его независимым от патриархийных и государственных структур), а общинно-братская среда позволяет преодолеть отчуждение друг от друга (не только учеников от учеников, но и учеников от преподавателей). Все эти элементы, соединенные вместе, усиливают друг друга.
В 1994-ом году открылось заочное отделение богословского факультета. И к учебе удаленно подключились братья и сестры из других городов. Целая комната в СФИ была отведена под звукостудию. И студенты-заочники слушали записи лекций на кассетах и дисках.
Образование постепенно стало многоступенчатым. Появился богословский колледж (ступенька перед институтом), а бакалавриат дополнился магистратурой (вершина образовательной лестницы). В 2005-ом году начал работу факультет религиоведения.
В 1996-ом году был создан Попечительский совет СФИ. В него вошли известные ученые и богословы, почетные профессора российских и зарубежных научных и образовательных учреждений.