Новое руководство госбезопасности СССР в этот период стало усиливать органы коммунистами и комсомольцами с высшим образованием, выходцами из гражданских и военных вузов. Кстати, начальник ВКШ генерал-лейтенант Е.П. Питовранов тоже в это время с последнего курса Московского института инженеров железнодорожного транспорта (МИИТ) был оформлен на работу в органы госбезопасности. В военную же контрразведку отбирали образованных выпускников военных вузов. Именно тогда в Управление особых отделов пришли Петр Ивашутин, слушатель Военно-воздушной академии, Иван Серов, выпускник Военной академии РККА имени М.В. Фрунзе, Анатолий Михеев, слушатель выпускного курса Военно-инженерной академии, и многие другие, чья судьба оставила глубокий след в истории нашего государства.
После собеседований и инструктажей на разных уровнях в Центре на Лубянке Николая Ивановича назначили начальником Особого отдела НКВД по Среднеазиатскому военному округу, где он пробудет на этой должности до апреля 1943 года. Казалось, война бушевала где-то далеко. Но она накрыла своим черным крылом и пространства всего военного округа, в который входили территории Узбекской, Туркменской, Казахской, Киргизской и Таджикской союзных республик. Штаб военного округа находился в Ташкенте. Именно в этом регионе, в городе Мары Туркменской ССР, было начато весной 1941 года срочное формирование 27-го механизированного корпуса. И уже через пять дней после нападения Германии на СССР началась погрузка частей и подразделений этого соединения. Военные эшелоны двинулись в сторону Воронежа.
Генерал Н.И. Железников несмотря на занятость часто выступал перед слушателями. Помнятся его рассказы о положении войск Брянского фронта третьего формирования, прикрывающих орловско-тульское направление в орловской наступательной операции. Именно на это оперативно-стратегическое объединение войск назначили его начальником управления контрразведки (УКР) Смерш в середине войны. Николай Иванович никогда не говорил, что он лично сделал для победы в той или иной операции, всячески подчеркивая роль рядовых исполнителей — оперработников. Поэтому подчиненные его уважали и называли «батей». Такой отзыв о начальнике или командире дорогого стоит, тем более, в боевой обстановке…
Пройдет время и мы, его ученики, узнаем много конкретного о деятельности коллектива смершевцев под руководством генерала Железникова. Это они вскрывали каналы утечки информации к противнику о предстоящих наступательных операциях и факты плохой маскировки в районах сосредоточения. Были обезврежены агенты Абвера из числа советских военнослужащих Манаенко, Сафронов и другие. Проведен ряд операций под кодовым названием «Измена Родине» против немцев. Смысл их заключался в том, что под видом желающих сдаться к неприятельским позициям направлялись с белым флагом красноармейцы. Для участия в этих мероприятиях привлекались наиболее надежные люди из разведчиков и штрафников. Приблизившись к вражеским окопам, смельчаки забрасывали гранатами фашистов и под прикрытием нашего ответного огня благополучно покидали места таких операций. Об успехах армейских чекистов Н.И. Железников докладывал начальнику ГУКР Смерш НКО генерал-лейтенанту В.С. Абакумову.
Впервые военные контрразведчики Брянского фронта столкнулись с практикой использования гитлеровцами подростков в разведывательной и диверсионной работе против войск РККА, о чем также было доложено в Центр. По приказу Абакумова юных диверсантов отправили в Москву.
Судьбу задержанных ребятишек окончательно решил Сталин, до которого непосредственно дошло сообщение Железникова. Абакумову при докладе на эту тему Верховный Главнокомандующий сказал, что детям нужно не в тюрьме сидеть, а страну после победы восстанавливать. По указанию вождя неудавшихся диверсантов определили в ремесленные училища.
На Брянском фронте у Железникова была еще одна удача. По указанию Центра он подобрал для собеседования с Абакумовым толкового сотрудника. По телефону московский начальник приказал:
— Николай Иванович, найдите мне кандидата из ваших сотрудников, который бы выделялся статью, аналитическим умом, силой, ростом и решительностью и был бы к тому же симпатичным. Сделайте это срочно…
«Что за шараду задал мне шеф? Понятно, надо решать быстро, — подумал Железников. — Под такие параметры подходит только мой помощник подполковник Кравченко Николай Григорьевич». Судьба толкового сотрудника была неизвестна Железникову. Только после окончания Тегеранской конференции стало ясно, что Кравченко выполнял специальное правительственное задание в Иранской столице и возвратился оттуда в звании генерал-майора. За успешную деятельность по борьбе с агентурой противника, качественную охрану Большой тройки — Сталина, Рузвельта и Черчилля — на международной конференции и спасение их жизней он был поощрен Верховным присвоением очередного звания через одну ступень. О Н.Г. Кравченко автором были написаны две книги: «Смерш в Тегеране», в другом издании она вышла под названием — «Он спас Сталина».