После того, как генерал Гровс не принял предложений Пашковского по отстранению от сверхсекретных работ потенциальных агентов советской разведки, Борис Фёдорович расценил это как недоверие к нему лично. Он попросил о переводе на другую работу и работу такую получил. Поскольку он хорошо разбирался в ядерной физике, которой очень интересовался во время участия в «Манхэттенском проекте», ему поручили организацию и проведение уникальной операции «Алсос», направленной на сбор технической информации, техники и специалистов, имеющих отношение к ядерной программе Третьего Рейха и перенаправлении их в США для использования в рамках «Манхэттенского проекта» (строго говоря, операция «Алсос» распадалась на два мало связанных между собою этапа, один из которых реализовывался в Италии, а другой — во Франции и Германии, но для нас эти детали сейчас не представляют интереса, а потому мы не станем на них останавливаться). Так в самом конце 1943 г. Борис Пашковский сделался главным «атомным шпионом Америки». Он создал «атомный спецназ» — армейское подразделение, ориентированное на розыск расщепляющихся материалов, их охрану и транспортировку с использованием специальных приёмов и техники. К концу войны численность «группы Паша» достигла 480 чел., при этом в её составе находились 24 учёных-ядерщика, призванных консультировать военнослужащих по специфическим вопросам обращения с ядерными материалами. В числе этих 24 физиков был уже упоминавшийся Сэмюэл Гаудсмит, назначенный в мае 1944 г. главным научным консультантом группы. Сейчас уже мало кто помнит, что этот выдающийся учёный был когда-то американским спецназовцем в самом точном значении этого слова (а не в том, как трактуют его некоторые «дятломаны», для которых «спецназовец» — это любой военный на лыжах и без знаков отличия на форме…).
В числе успехов «группы Паша» можно упомянуть прямо-таки феерическое «ограбление» дома Жюлио-Кюри под Парижем, во время которого Борис Пашковский лично вытащил из сейфа записи знаменитого учёного. Американцы действовали под самым носом у немцев, фактически «группа Паша» опередила передовые дозоры американской армии, выдвигавшиеся к Парижу. Случилось это 24 августа 1944 г. А буквально на следующий день Борис Пашковский лично встретился с Фредериком Жолио-Кюри и попросил того сообщить американским властям всю известную ему информацию о «ядерном проекте» Третьего Рейха. Жолио-Кюри ответил на конкретные вопросы, связанные с технологическими деталями реализуемой фашистами концепции атомной бомбы, но при этом отказался предоставить какие-либо личные соображения и математические выкладки по вопросу создания «супер-оружия».
Жолио-Кюри не знал, что улыбчивый «русский американец» играл с ним в «кошки-мышки». На самом деле ответы французского физика уже мало интересовали Бориса Пашковского, ведь в то самое время, когда он разговаривал с Жолио-Кюри, все записи и теоретические проработки последнего по теме создания ядерного оружия уже находились в самолёте, летевшем в Вашингтон.
А чуть позже «группа Паша» сумела захватить 1200 тонн обогащённой руды урана-238, заложенных в долговременные хранилища. В кратчайшие сроки Пашковский восстанавил работу расположенной неподалёку фабрики металлической тары, уничтоженной налётами союзнической авиации, благодаря чему было изготовлено нужно количество бочек и урановое сырьё удалось вывезти в США. Сейчас уже мало кто помнит, что первые пять американских атомных бомб были изготовлена из сырья, доставленного из Европы (оттуда поступили не только уран, но и плутоний). Без Бориса Паша не было бы ни Хиросимы, ни Нагасаки.