Но простой народ всем этим не смущен — главное для него в жажде перемен к лучшему, а они связаны для него с именем- «царя Дмитрия». И люди со всех сторон стекаются к Путнвлю.
Уже в июне городские низы, стрельцы и прочие жители южных и юго-западных городов выступают против воевод Шуйского. К ним присоединяются крестьяне, холопы, казаки. Во главе ширящегося восстания вскоре встает Иван Исаевич (болотников^) бывший холоп, потом попавший в турецкий плен. После многих приключений и передряг, побивав в Италии, Германии, Польше, возвращается в Россию. Человек, богато одаренный, смелый и энергичный, он становится «полководцем», или «гетманом», «царя Дмитрия», с которым встречается и разговаривает в Речи Посполитой (вероятно, это и был Молчанов). Включаясь в борьбу, обнаруживает недюжинные способности военачальника, организатора. Войска повстанцев под его началом громят в открытых сражениях армии Шуйского, берут десятки городов. То же делает армия восставших во главе с Истомой Пашковым, мелким веневским дворянином; в ее рядах находятся отряды рязанских и других дворян-попутчиков.
Обе повстанческие армии объединяются под стенами Москвы в конце октября. Главнокомандующим становится Болотников. Он ведет осаду столицы до начала декабря. Положение Шуйского порой критическое. Но мобилизация сил и средств, проведенная властями, измена дворян — переход на сторону Шуйского, отсутствие в лагере Болотникова «царя Дмитрия» (а москвичи требовали показать его), активная агитация правительства и церкви против восставших, превосходство карателей в организованности и вооружении привели к поражению болотниковцев под стенами Москвы — в селе Коломенском и его окрестностях.
Болотников с остатками повстанцев отходит к Калуге. Другим опорным пунктом восстания становится Тула, куда перебирается из Путивля с войском «царевич Петр». Болотников и воеводы «Петра», в том числе в боярин князь А. А. Телятевский, бывший в свое время владельцем холопа Болотникова, не раз громят царские армии, сами подчас терпят неудачи. Калужско-Тульский период этого этапа Крестьянской войны заканчивается осенью 1607 года переговорами «царевича» и Болотникова, объединившихся в Туле, с царем Шуйским и капитуляцией при условии сохранения жизни участникам движения. Но царь и здесь нарушил клятву — вскоре казнили обоих предводителей и многих их сподвижников.
Восстание Болотникова — кульминация Крестьянской войны. Она охватила десятки уездов Европейской России — ее центра, северо-запада (Псков и др.), северо-востока (Пермь и Вятка), Поволжья (Астрахань и др.), южные районы. В ряде мест восстание началось до Болотникова и продолжалось долгие годы после его поражения.
Еще летом 1607 года объявился второй Лжедмитрий и его обещания «прежней вольности» приводят к самозванцу много новых повстанцев из русских простолюдинов. Снова они надеются с помощью «доброго царя Дмитрия» добиться заветной воли, освобождения от боярского ярма.
Народное движение на этом этапе, в 1608-м и последующие годы, сильно осложняется вмешательством интервентов и разгорающейся национально-освободительной борьбой. Лжедмитрий пришел летом 1608 года к Москве и расположился в Тушине («Тушинский лагерь»), и здесь «царика», или «тушинского вора», как его вскоре прозвали, окружают польские шляхтичи и русские «перелеты» (бояре и дворяне, перебежавшие от Шуйского). Сюда же шли крестьяне, холопы, казаки. Всего собралось до 40 тысяч человек.
Но насилия и грабежи иноземцев, приспешников самозванца быстро оттолкнули от него народные низы. От поддержки они переходят к борьбе с ним, с иноземными захватчиками. Классовая борьба, продолжающаяся в этом и следующие годы, все больше переплетается с национально-освободительной борьбой против польско-литовских и шведских феодалов.
Еще в 1608 году к Лжедмитрию II приходят польские отряды Лисовского и Ружинского, действуют в составе его войска. Его «признает» Марина Мнишек. Прибыв в Тушино, она тайно с ним обвенчалась. Сюда же прибыл Ян Сапега, крупный литовский магнат, с войском. Снова самозванца поддерживают папа римский, католики, надеясь провести в России церковную унию. Польские и литовские паны захватывают русские города и уезды, грабят население. Ведут они себя в России как завоеватели, интервенты. 16 месяцев осаждают, но безуспешно, Троице-Сергиев монастырь.
Население дает отпор интервентам в северо-западных, северных, поволжских уездах. Положение правительства Шуйского сильно осложнилось, и он вынужден просить шведского короля о военной помощи. По февральскому 1609 года договору Швеция выделяет 15-тысячный корпус Якова Делагарди. В уплату Шуйский уступает королю город Корелу с уездом.
Скопин-Шуйский, племянник царя, с русским и шведским войсками освобождает северо-западные уезды, громит тушинцев, отгоняет поляков от Троице-Сергиевой обители. Его вступление в Москву привело к распаду тушинского лагеря, самозванец перебрался в Калугу.