В 1641 году их было двенадцать; нынче сохранилось их девять. В одном из них показывают посетителям знаменитый «каменный мешок», столб, пустой внутри, от трех до шести метров толщины, в который будто бы Грозный сбрасывал свои жертвы. Приговоренные падали в яму, снабженную острыми ножами. Но бастион, о котором сложилось это мрачное предание, был сооружен только при Михаиле Феодоровиче, и ничем не доказано, что он служил когда-либо пожизненной темницей. В инвентаре 1641 года упоминается о девяноста пушках, из которых одна выбрасывала снаряды в пять пудов. Пушки малого калибра преобладали; дополнением к ним служили медные бочки или чаны, которые наполнялись горящей смолой или кипящей водой. Ворот, как и в настоящее время, было четырнадцать.
В целом наружный вид монастыря сильно изменился со времени знаменитой осады. И самые церкви украсились по-новому. В храме св. Троицы в двух иконах сохранились следы от польских ядер; но дворец Иоанна Грозного исчез; на его месте возникло множество построек нового стиля; тут поместилась также академия; на этих зданиях блещут во всем своем ужасном безобразии самые неуклюжие образцы казенной архитектуры. Новейшими оказываются в большинстве также и драгоценные предметы в ризнице храма, выставленные, впрочем, вовсе не для того, чтобы поражать или тем более ласкать взоры богомольцев. Там же благоговейно хранятся кое-какие остатки былого великолепия; но наиболее ценимые из тех, которые могли бы попасть в руки осаждавших в 1608 году, не могли соблазнить их и возбудить их алчности: это были принадлежности богослужения – чаща, дискос, употреблявшиеся, как думают, еще св. Сергием и св. Никоном. Они – деревянные, расписанные грубыми рисунками на красном фоне.
Защита монастыря от шаек Сапеги и Лисовского, славная, по справедливости, представляет интересную особенность тем, что, несмотря на свой геройский характер, она не выдвинула ни одного героя. Оба воеводы Шуйского, Григорий Борисович Долгорукий и Алексей Иванович Голохвастов, начальствовавшие над маленьким гарнизоном, оказались посредственными полководцами и отъявленными негодяями. По сведениям, собранным осаждавшими, «они ни о чем не думали и пьянствовали целыми днями». Что касается архимандрита Иоасафа, то он прославился только своими видениями, во время которых местные святые угодники, дружески беседуя с ним, якобы ежедневно обещали ему чудеса, но действия их напрасно ждали осажденные. Истинным чудом, давшим им победу, было чудо безыменной толпы: монахов, крестьян, соседних дворян, объединенных одним чувством, одним желанием выдержать борьбу, казавшуюся долгое время безнадежной.
Тем не менее преданию, которое мало считается с действительностью, было угодно ввести в этот славный эпизод героическую фигуру, и выбор его пал на келаря лавры. Его имя стало нераздельным от события, в котором он якобы сыграл первенствующую роль. Для большинства русских, хранящих память об этой славной осаде, она даже олицетворяется, некоторым образом, в знаменитом монахе Авраамии Палицыне – в миру он носил имя Аверкий Иванович. Но он и не находился в Троицкой лавре в то время, когда осадили ее поляки; в продолжение всей осады нога его не побывала в монастыре; по-видимому, он был занят совсем иными делами, а не защитой святыни от нападавших. Такие недосмотры обычное дело в легендах.