26 февраля 1609 года была сделана серьезная попытка свергнуть «царя боярского». Любопытнее всего то, что в этом заговоре принимали участие также и бояре. Подобрав до 300 единомышленников, князь Роман Иванович Гагарин, Григорий Феодорович Сумбулов и Тимофей Васильевич Грязной, все именитые люди, обратились к своим естественным союзникам с просьбой переделать сообща устроенное дело, положить конец «пролитию христианской крови», низложив царя «глупого и бесчестного, пьяницу и развратника», не оправдавшего надежд избравших его.
Призыв не встретил, однако, сочувствия. Вместо того чтобы явиться на Красную площадь, как это было условлено, бояре попрятались по своим домам. Явился только один князь Василий Васильевич Голицын, почуявший удобный случай отомстить. Патриарх Гермоген был схвачен во время богослужения в Успенском соборе и притащен на Лобное место. По дороге его били, издевались над ним, осыпали бранью, но среди всех этих насилий, «твердый, как алмаз», патриарх Гермоген остался непоколебимым и не уступил заговорщикам. Они бросились в Кремль, но чернь отказалась следовать за ними; а Шуйский, успевший тем временем собрать кое-какие войска, отразил нападение.
Надо обратить внимание на развязку этого приключения: она ясно, как Божий день, доказывает, в каком критическом положении находилась тогда Москва. Победа царя не сопровождалась никакими карами. Победитель оставался в своем дворце, а побежденные благополучно удалились в Тушинский лагерь, и никто не осмелился задержать их. Голицын вернулся к себе, продолжая спокойно жить, как будто ничего не произошло. Даже Гагарин, спустя некоторое время, вернулся из Тушина в Москву, не потерпев тоже никаких неприятностей из-за своего неудачного приключения.
Заговоры против Шуйского повторились в апреле и мае 1609 года. В то время тушинцы попытались еще раз прервать сообщение между Коломной и столицей. В продолжение нескольких недель цена хлеба была семь рублей за четверть, т. е. в двадцать четыре раза выше его нормальной стоимости! Голод должен был неминуемо вызвать бунт. Но осаждавшие, ослабленные отсутствием дисциплины и обеспокоенные восстанием, охватившим области, а также приближением Скопина, не могли набрать нужных сил. Сам Рожинский, жестоко страдавший от раны, уже не был в состоянии справиться со своим делом. В большой битве, происшедшей совсем неожиданно в день св. Троицы из-за неосторожной стычки польских аванпостов, ему пришлось пожертвовать всей своей пехотой, чтобы выручить своих по-прежнему непослушных поляков, зарвавшихся чересчур далеко. Это было последнее крупное сражение между Москвой и Тушином. Скопин и шведы приближались.
Московский главнокомандующий задержался на долгое время в Новгороде и его окрестностях. Причиной тому было брожение в этой области, а также затруднения, представившиеся ему при осуществлении широко задуманного им плана военного и административного переустройства. Выбрав центром Вологду, он рассчитывал найти в ней опору для общего преобразования расшатанного государственного организма. По его мнению, Вологда подходила к такому назначению, будучи узловым соединением всех дорог, связывавших северные области со столицей, и весьма важным торговым городом. Но при выполнении этого плана встретилось много препятствий, а когда Скопин решил выступить в поход, ему заградили путь еще новые. Отряд запорожцев под предводительством поляка Керножицкого, заняв уже Торжок и Тверь, грозил застигнуть врасплох молодого Шуйского среди разработки его плана и разрушить его замыслы в самом зародыше. Навстречу Керножицкому был выслан отряд войска, но новгородцы заподозрили его начальника в измене. Подозреваемый был тот самый окольничий Михаил Игнатьевич Татищев, который как-то в споре с Дмитрием I по поводу телятины наговорил ему дерзостей, а впоследствии убил Басманова. Но этих подвигов, очевидно, оказалось еще недостаточно, чтобы служить порукою в верноподданности. В этом случае Скопин вел себя совсем не по-геройски. Предоставив своего подчиненного на волю новгородцам, он допустил его убийство, и сверх того, после продажи имущества убитого с публичного торга, как это водилось у новгородцев, когда творилось народное правосудие, он тоже потребовал своей доли.