Первая половина 1609 г. стала временем серьезного противостояния на Севере и в Замосковном крае. А. Зборовский и кн. Г.П. Шаховской захватили Старицу. Но это были лишь частичные успехи.
Центром противостояния тушинских войск и земских ополчений становится Кострома. В начале февраля 1609 г. в городе снова вспыхнуло восстание против тушинцев. Более 200 сторонников самозванца было утоплено в Волге, а остатки тушинского гарнизона укрылись в Ипатьевском монастыре.
Полки, собранные северными городами, снова заняли Кострому и Галич. Предводительствовать ополчением северных городов кн. М.В. Скопин-Шуйский прислал в Вологду 30 января (9 февраля) 1609 г. воевод Г. Бороздина и Н. Вышеславцева.
Сидевший в Ярославле тушинский полковник С. Тышкевич вынужден был буквально метаться от города к городу, стремясь подавить волнения. 3(13) марта 1609 г. посланные Я. Сапегой тушинцы вновь захватили Кострому, но уже 12(22) марта гетман получил известие, что с севера к ней приближается отряд ополченцев Н. Вышеславцева. С. Тышкевич со своим отрядом (1 тыс. человек) бросился к Костроме, где ему удалось разбить ополченцев. Но эта победа оказалась «пирровой».
Воспользовавшись отходом С. Тышкевича, Н. Вышеславцев ударил с другого фланга. Он смог отразить отряд тушинцев, взяв у них 3(13) марта 1609 г. Романов, а также Пошехонье. Молога и Рыбная слобода также присягнули Василию Шуйскому.
С 4 тыс. ратников Н. Вышеславцев выступил из Романова к Ярославлю. Получив известие об этом, ему навстречу вышел С. Тышкевич, надеявшийся, что тушинская конница одержит перевес над пехотинцами ополчения. Бой произошел 7(17) апреля 1609 г. у села Егорьевского. Тушинцы, атаковав противника, уже собирались праздновать победу, когда на сторону ополченцев внезапно перешли ярославские дети боярские. Результатом этого стало поражение С. Тышкевича. Ярославцы, узнав об этом, на следующий день – 8(18) апреля 1609 г. отказались повиноваться ему и принесли присягу на имя Василия Шуйского. Еще через неделю, 15(25) апреля 1609 г., Н. Вышеславцев освободил Углич.
Потеря Ярославля означала для тушинцев резкое изменение обстановки в пользу земских ополчений. Лжедмитрий II и Я. Сапега, понимая стратегическое положение города, направили к Ярославлю новые отряды. Но и ярославцы сумели использовать две недели передышки, получив подкрепления, артиллерию и припасы из поморских городов.
Вскоре разгорелись бои за город. Тушинские отряды под началом И.Ф. Наумова и И. Будзилы четыре дня пытались переправиться через реку Пахну (приток Которосли) примерно в 10 км от города. Но все было бесполезно. Тогда тушинцы отступили и, переправившись через реку выше по течению, ударили в тыл ярославцам. Те бежали к городу, защищаемому 600 архангельскими и 1200 сибирскими стрельцами.
Бои непосредственно за Ярославль начались 30 апреля (10 мая) 1609 г. Укрепления города были деревянными, и только стены кремля и Спасо-Преображенского монастыря были каменными. Первый приступ 30 апреля (10 мая) был отбит, а на следующий день, 1(11) мая 1609 г., тушинцы подожгли посад и смогли проникнуть в город. Осажденные укрылись в кремле и Спасском монастыре. Попытки взять их приступом не удались.
Весь май 1609 г. прошел в позиционной борьбе. 22 апреля (1 мая) 1609 г. угличане пытались освободить от тушинцев Калязин монастырь, но потерпели неудачу. Воодушевленные этим тушинцы из Калязина монастыря 4(14) мая 1609 г. подошли к Угличу, но были наголову разбиты. На другом фланге 1(11) мая 1609 г. к Ипатьевскому монастырю подошел отряд Д. Жеребцова, куда, помимо детей боярских, входили и сибирские стрельцы. Он начал планомерную осаду хорошо укрепленной обители.
В конце мая – начале июня 1609 г. тушинцы, отказавшись от безуспешных попыток вновь захватить Ярославль, изменили тактику. Оставив в окрестностях Ярославля отряды, необходимые для его блокады, они отправили значительные отряды к другим городам. Полк Я. Микулинского осадил Углич и после месячной осады взял его 20(30) июня 1609 г.
Но значение этой победы померкло перед другим поражением тушинцев. Через неделю, 28 июня (8 июля) 1609 г., отряды А. Лисовского, двинувшиеся на выручку осажденным полякам в Ипатьевском монастыре, были разбиты в районе Решмы при переправе через Волгу. А вскоре Ипатьевский монастырь сдался Д. Жеребцову. Тем самым все Заволжье было очищено от сторонников Лжедмитрия 11.
Действия Ф.И. Шереметева в 1607–1609 гг
Положение тушинцев стало ухудшаться с приходом в начале зимы 1608–1609 гг. в Нижний Новгород передовых отрядов боярина и воеводы Ф.И. Шереметева. Поход «низовой рати» Ф.И. Шереметева проходил в сложных условиях. Не добившись успеха под Астраханью, где ему пришлось целый год сидеть в осаде в остроге на острове Балчик, Ф.И. Шереметев в октябре 1607 г. отступил к Царицыну, где собирался вновь идти на Астрахань. Там он зазимовал.