Писатель работал над «Жерминалем» с большим творческим подъемом и увлечением, хотя и не один раз жаловался, что «эта дьявольская книга — трудный орешек!» Наконец 25 января 1885 года он извещает своего издателя Жоржа Шарпантье, что «Жерминаль» закончен. Вместе с письмом он отправляет Шарпантье две последние главы. Судя по письмам, роман, вероятно, был начат во второй половине марта и закончен через десять месяцев, 25 января 1885 года.
Еще до того, как был завершен «Жерминаль», его публикацию предприняла газета «Жиль Влас», правда, роман печатался с сокращениями, которые были отмечены многоточиями. По поводу этих сокращений в письме Анри Сеару от 18 января Золя отмечает, что журнальный вариант не дает истинного представления о книге в целом. Первое отдельное издание вышло в марте 1885 года.
Появление на прилавках книжных магазинов жестокого в своей правде произведения о жизни углекопов и их борьбе за свои права дало официальной критике повод вновь ополчиться против создателя «Ругон-Маккаров». В «Жерминале» была сконцентрирована такая сила идейного и морального воздействия, а убедительность художественных образов и их жизненность столь велики, что он буквально ошеломил читателей. Одних он заставлял задуматься над тем, о чем они упорно не желали думать, других убеждал в необходимости избавления от невыносимого социального гнета. Сразу же после публикации «Жерминаля» в печати появилось несколько критических статей, стремившихся любыми путями приглушить звучание произведения. Некоторые литераторы из лагеря буржуазной критики, в частности Анри Дюамель, упрекали Золя в том, что он оболгал рабочих, что он искаженно представляет себе жизнь, быт и условия труда шахтеров и т. д.
Четвертого апреля 1885 года Золя в письме к Ф. Маньяру, отвечая на эти упреки, говорит: «Сегодня утром я прочитал статью господина Анри Дюамеля. Он обвиняет меня в том, что выведенная в моем романе женщина, работающая под землей, не что иное, как плод моей фантазии. Но ведь сам же Дюамель утверждает, что вплоть до 1874 года (19 мая 1874 года был издан закон, запрещавший женщинам работать в шахте. —
Аналогичный ответ по поводу заработной платы. Известно, что в конце Империи страну охватил промышленный кризис. Я утверждаю, что заработная плата в то время была такой, какую я указал в романе. Я располагаю на этот счет подтверждениями, которые слишком многочисленны, чтобы их здесь приводить… Меня упрекают также в неуемном биологизме, в заведомом искажении жизни несчастных тружеников, при мысли о которых мои глаза наполняются слезами. На каждое обвинение я готов ответить документом».
Золя действительно располагал огромным количеством документов. Чтобы убедиться в этом, достаточно обратиться к его подготовительным материалам, относящимся к «Жерминалю». Они составляют два больших тома [1](третий и четвертый тома рукописей): том третий — «Аналитический план» (1–100 стр.); «Набросок» (401–499 стр.). Том четвертый — «Персонажи» (1–96 стр.); «Болезни шахтеров» (97–107 стр.); «Планы местностей, дома шахтеров и др.» (108–116 стр.); «Заметки главного инженера шахт» (117–150 стр.); «Забастовки в Рикамари, Обене, Крезо, Фуршамбо, Монсу в др.» (151–207 стр.); «Заметки об Анзене» (208–321 стр.); «Словарик технических терминов и инструментов шахтеров» (322–324 стр.); «Заметки об угольных кризисах и забастовках» (325–341 стр.); «Заметки о социализме, рабочем вопросе и Интернационале» (342–370 стр); «Общество в Монсу. Общество в Анзене» (371–376 стр.); «Жалобы шахтеров» (377–384 стр.); «Заметки о книге Симонена „Подземный мир“» (385–397 стр.); «Забастовка в Анзене в 1884 году» (вырезки из газет и другие документы) (398–414 стр.); «Разное» (среди материалов — заметки о Жюле Геде) (415–453 стр.).
Золя черпал эти материалы из газет «Кри дю пепль», «Энтрапсижан», «Эко дю Нор» и других. Для различных справок он использовал книги: Гюйо «Промышленные кризисы»; Симонена «Подземный мир»; Э. де Лавелей «Социализм»; Жюля Симона «Работница» и другие.