Черновые наброски, относящиеся к этому замыслу, литературно-критические статьи, которые Золя в ту пору печатал, свидетельствуют о том, что он не следовал рекомендациям Тэна, а напротив, преодолевал тэновскую концепцию современного романа, влияние его теории расы, среды и момента, черпая вдохновение в ином эстетическом источнике. «Я сделаю с более методически выдержанной точки зрения то, что Бальзак сделал в отношении эпохи Луи-Филиппа», — провозгласил Золя. Как бы полемизируя с оценкой творчества Бальзака, которую давал Тэн в письме о «Мадлене Фера», Золя в статье 1870 года подчеркнул масштабность бальзаковского реализма, беспощадность критики буржуазно-аристократического общества, силу отрицания умирающего прошлого, пафос жизнеутверждения, воры в будущее, в преобразующую силу народа. В этой статье Золя писал: «Таким образом, сатира на аристократию и буржуазию, зрелище современной схватки, драматическое изображение настоящего, когда прошлое погребено навсегда, а будущее только приоткрывается, — такова „Человеческая комедия“… Республика неизбежна. Она вытекает из всего произведения. Республика — продукт позора аристократии и бессилия буржуазии. Когда ищешь, в каком же классе Бальзак увидел живые силы нации, обнаруживаешь, что он открыл их в великом изгое — в народе. Только в нем он и мог их найти. У Бальзака был слишком светлый ум, им владела слишком горячая любовь к истине, для того чтобы он пощадил мерзавцев и всякую гниль. Вопреки своему роялизму и католицизму, он вывел дворян и буржуа в таком виде, что смех и возмущение поразили их насмерть. Творчество Бальзака — будто усеянная руинами столбовая дорога, ведущая к народу».
Статья о Бальзаке подводила итог эстетическим и творческим исканиям раннего Золя от «Сказок Нинон» к роману «Мадлена Фера». Она знаменовала преодоление натуралистического экспериментаторства, его поворот к реализму.
Поворот этот, происходивший на рубеже 60–70-х годов, не повлек за собой отказа художника от теории «научного романа», однако содержание и принципы этой теории подверглись коренной переоценке в процессе сложного и противоречивого их переосмысления. Отвергая в дальнейшем своем творчестве путь физиологического эксперимента, предложенный им в «Терезе Ракен» и «Мадлене Фера», Золя вбирает все цепное, что воплотилось в этих произведениях с точки зрения профессионального писательского опыта. Он расценивает эти романы как своеобразную школу, в которой формировалось его художественное мастерство. В перспективе реалистического развития творчества Золя роман «Мадлена Фера» со всеми его негативными и позитивными уроками занимает существенное место.
В последующих романах Золя отказался от изображения «героев-исключений», подобных Терезе и Мадлене. Расширив горизонт художественного видения, углубив свои представления о социальных силах, управляющих человеческими страстями, Золя пользуется данными физиологии и теории наследственности не как универсальным ключом к психологии человека вообще, а лишь как одним из многих средств, позволяющих реалистически воссоздать картину физической и духовной деградации человека в условиях капиталистической эксплуатации.
Золя посвятил «Мадлену Фера» художнику Эдуарду Мане, живопись которого он в ту пору страстно защищал. Золя первым из французских критиков увидел в Мане самобытный талант и поддержал его в борьбе против официозной критики. Дружеские отношения между живописцем и писателем завязались в 1866 году, после публикации в газете «Эвенеман» цикла статей Золя «Мой Салон». Спустя год Золя выпустил специальный этюд о художнике. В 1868 году он позировал для Эдуарда Мане, о котором 10 мая 1868 года вновь опубликовал обширную статью в газете «Эвенеман иллюстрэ».
В России «Мадлена Фера» впервые была опубликована в Полном собрании сочинений Эмиля Золя под редакцией М. В. Лучицкой, Киев, 1903, т. 38. Роман выходил также и в Собрании сочинений Эмиля Золя, Петербург, 1896–1899, т. 24