Князья в Тюрингии сначала оказались в таком же состоянии растерянности и бессилия перед крестьянами, как во Франконии и Швабии. Лишь в последних числах апреля ландграфу Гессенскому удалось собрать войска — тому самому ландграфу Филиппу, чье благочестие так восхваляют протестантские и буржуазные историки Реформации и о чьих гнусностях по отношению к крестьянам нам сейчас предстоит сказать пару слов. В результате нескольких форсированных походов и применения решительных мер ландграф Филипп вскоре усмирил большую часть своих владений и затем, стянув новые контингента, двинулся в земли аббата Фульдского, который до этого времени был его сюзереном. Разбив 3 мая фульдский крестьянский отряд при Фрауэнберге, он привел в покорность всю область и воспользовался этим случаем для того, чтобы не только сбросить с себя вассальную зависимость от аббата, но и превратить аббатство Фульдское в гессенский лен, имея в виду, конечно, его последующую секуляризацию. Затем он занял Эйзенах и Лангензальцу и, соединившись с герцогскими саксонскими войсками, двинулся на центр восстания, Мюльхаузен. Мюнцер собрал свои боевые силы — около 8000 человек с несколькими пушками — у Франкенхаузена. Тюрингенский отряд далеко не обладал теми боевыми качествами, которые проявила часть верхнешвабских и франконских отрядов в борьбе с Трухзессом; он был плохо вооружен и плохо дисциплинирован, насчитывал очень мало бывших солдат и совершенно не имел командиров. Сам Мюнцер, повидимому, не обладал ни малейшими познаниями в военном деле. Тем не менее князья сочли целесообразным прибегнуть и здесь к той тактике, которая так часто обеспечивала победу Трухзессу, — к вероломству. Завязав 16 мая переговоры, они заключили с крестьянами перемирие, но затем неожиданно напали на них еще до окончания срока последнего.
Мюнцер расположился со своим отрядом на горе, которая еще и теперь носит название Шляхтберг {Гора битвы.
Мюнцер был в присутствии князей подвергнут пыткам и затем обезглавлен. На казнь он шел с тем же мужеством, с каким жил. К моменту казни ему было, самое большее, двадцать восемь лет. Обезглавлен был также и Пфейфер, а кроме того множество других. В Фульде начал свою кровавую расправу «христолюбивый» Филипп Гессенский. По приказу его и саксонских князей помимо других казненных в Эйзенахе было казнено мечом — 24, в Лангензальце — 41, после Франкенхаузенской битвы — 300, в Мюльхаузене — свыше 100, у Гёрмара — 26, у Тюнгеды — 50, у Зангерхаузена — 12, в Лейпциге — 8 мятежников, не говоря уже о всякого рода членовредительстве и других менее суровых наказаниях и о разграблении и сожжении ряда деревень и городов.
Мюльхаузен потерял вольности имперского города и был присоединен к саксонским землям, так же как аббатство Фульдское к ландграфству Гессенскому.
Князья направились теперь в район Тюрингенского леса, где франконские крестьяне из бильдхаузенского лагеря, объединившись с тюрингенскими крестьянами, сожгли много замков. У Мейнингена произошла битва; крестьяне были разбиты и отступили к городу, но последний внезапно закрыл перед ними ворота и пригрозил им нападением с тыла. Приведенный в смятение этой изменой своих союзников, отряд вступил в переговоры с князьями о сдаче, но разбежался еще до конца этих переговоров. Бильдхаузенский лагерь уже давно распался; таким образом, с уничтожением этого отряда были подавлены последние остатки восстания в Саксонии, Гессене, Тюрингии и Верхней Франконии.