В апреле 1918 г. германские войска изгнали большевиков из Киева и здесь установилась власть гетмана Скоропадского. Поскольку Киевский митрополит священномученик Владимир (Богоявленский) был убит, то епархиальным собранием 19 мая 1918 г. преосвященный Антоний избирается на Киевскую кафедру. В декабре 1918 г. по распоряжению пришедшего к власти на Украине правительства Петлюры владыка Антоний был арестован в Киево-Печерской Лавре вместе с архиепископом Волынским Евлогием (Георгиевским). «Наше отношение к гетману (т. е. Скоропадскому. – Прим. ред.)
это был лишь предлог нашему аресту, – писал владыка Евлогий впоследствии, – настоящая же его причина была иная. На соборе мы отвергли автокефалию Украинской Церкви, т. е. ее независимость от Русской Церкви, и лишь предоставили ей автономию ее внутренней жизни, не порывая ее многовекового единства с Русской Церковью. Этим постановлением, почти единогласным, была страшно недовольна партия украинских самостийников, желавших как можно скорее порвать всякие связи с Россией, в том числе и политические, и поэтому, как только эта партия стала у власти, она арестовала нас как более видных участников Собора и виновников провала идеи церковной автокефалии, и затем немедленно государственным декретом провозгласила эту автокефалию»[1]. Петлюровцы содержали узников в базилианском униатском монастыре в г. Бучаче. Весной 1919 г., после захвата Бучача польскими войсками, арестованных перевели в католический монастырь в местечке Беляны под Краковом. Летом 1919 г. Антоний вместе с архиепископом Евлогием был освобожден при посредничестве французской военной миссии. На исходе Гражданской войны, после поражения войск Врангеля в ноябре 1920 г., владыке Антонию приходится окончательно покинуть Россию.