Идея «музея» отражает глубинные философские установки ее автора. Федоров ищет и находит для себя путь преодоления природного закона не с помощью чуда, а реальным действием, которое должно осуществиться опять же не в некоем трансцендентном, мистическом измерении, а в самом природном ряду. Этот ряд может быть преодолен, по глубокому убеждению Федорова, нравственно-деятельным его освоением — цепь за цепью — назад и назад, до самого его начала. Природа сама по себе стремится только
Сам факт существования музея в истории свидетельствует о неистребимом желании человечества удержать прошлое, запечатлеть бывшее. В этом стремлении, по Федорову, выражается подсознательная надежда продлиться, глубокое убеждение всех живущих, что настоящая смерть — это полная утрата памяти о них. Проективный федоровский музей задуман как предприятие собирания, хранения, изучения всех остатков прошлого, всех малейших следов ушедших людей на их вещах, документах, дневниках, книгах, произведениях искусства и т. д. Речь идет о тотальной консервации памяти, причем в идеале четко индивидуализированной. Глубокий смысл собирания мертвых вещей в том, чтобы за ними видеть их создателей. Восстановление мертвых подобий жившего не может быть самоцелью. Хранение должно быть дополнено исследованием, переходящим в деятельность. «Всенародный», «всеученый» музей становится средоточием повсеместного исследования причин неродственности, завершающим этапом воспитания всех в духе братства. Все учебные заведения по отношению к музею играют роль подготовительных факультетов. Вступление в музей — это, по Федорову, вступление в гигантское тело всего человечества, восприятие заповедей о целях и обязанностях, налагаемых новой «религией» единства.
Излагая свои идеи, Федоров нередко обращается к темам и образам христианства, разрабатывая проекты «общего дела» в ключе христианской символики. Однако то смелое перетолкование, которому она подверглась в учении «общего дела», оказалось таким далеким от привычного представления о сущности и цели христианства, его торжествующей догмы, что вызвало сопротивление со стороны ряда религиозных деятелей, Федорова обвиняли — и при жизни, и после смерти — не только в неортодоксальности, но и в несовместимости его учения с христианской верой. Историк русского богословия писал о нем: «Словесно Федоров как будто в церковности и в православии. Но это только условный исторический язык…