Главным героем романа становится Книга. Не случайно обращение Толстой к теме книги происходит именно в начале нового века. В последнее время все чаще возникает вопрос, какую роль будет играть и уже играет книга в жизни современного человека. Книга вытесняется компьютером, телевизором, видео, а вместе с ней уходит некая очень важная составляющая духовности, и это отсутствие нельзя восполнить ничем. Отношение к книге – один из центральных мотивов жанра антиутопии – необычным образом преломляется в романе «Кысь». Так же, как изображается в других антиутопиях, многие книги в новом обществе находятся под запретом правителей государства. Но часть книг все же доступна людям, и искусство определенным образом действует на персонажей: «Сел перебелять новую сказку: “Колобок”. Смешная такая история, ужасти… Бенедикт радовался за колобка, пишучи. Посмеивался… А как дошел до последней строки, сердце екнуло. Погиб колобок-то. Лиса его: ам! – и съела. Бенедикт даже письменную палочку отложил и смотрел в свиток. Погиб колобок. Веселый такой колобок. Все песенки пел. Жизни радовался. И вот – не стало его. За что?»
Пространство, в котором происходят события, замкнутое. Здесь не выстроены специальные преграды, но территория нового общества окружена психологическими барьерами. Казалось бы, существуют объективные обстоятельства, по которым голубчики не могут ходить на север, на запад и на юг, однако создается впечатление, что именно присутствие кыси, то есть навязанного беспричинного страха в душе каждого обитателя города Федор-Кузьмичска, ограничивает их восприятие действительности, отгораживает от окружающего мира.
Главный герой романа является одновременно и продуктом этого нового общества, и невольным хранителем и продолжателем жизни прежнего общества, что проявляется прежде всего в его внешнем облике: у Бенедикта нет никаких Последствий.
Бенедикт – человек (или существо), знающий грамоту, работающий в конторе государственным писцом, но при этом не читавший настоящих, старопечатных книг ни разу в жизни. Все, что он переписывает и читает, – отрывки, куски настоящей литературы. Герой одержим страстью к чтению. Бенедикт не понимает значений многих слов, и в его воображении они предстают в искаженном облике: мараль, фелософия, не врастеник. Мать главного героя – из «прежних», с «ОНЕВЕРСЕТЕЦКИМ ОБРАЗОВАНИЕМ», отец же – из простых «голубчиков». Мать Бенедикта характеризует окружающую действительность как «каменный век». В самом деле, в Федор-Кузьмичске, расцветшем на месте Москвы, которая стояла здесь «совсем прежде», вновь изобретено колесо, но разжигать огонь трением люди заново еще не разучились. Сознание Бенедикта характеризует двойственность. Герой мечтал о должности истопника, которая может дать власть и ощущение превосходства над другими голубчиками. Однако по воле матери Бенедикт был обучен грамоте и стал переписывать то, что сочинил Федор Кузьмич.
На протяжении всего произведения проявляется двойственность главного героя. Читателю все время кажется, что Бенедикт, на первый взгляд такой симпатичный и милый, вот-вот обретет свой путь, который настойчиво подсказывают ему Никита Иваныч (из «прежних») и Варвара Лукинишна.
В центре внимания автора находится процесс пробуждения и становления личности главного героя Бенедикта – от момента его первой любви и женитьбы до момента выделенности его из всего общества и полного одиночества, в котором ему предстоит сделать выбор, определяющий всю дальнейшую судьбу городка. Бенедикт начинает свое существование в избе (простой переписчик), а оканчивает в красном тереме (всесильный министр).
Изначально социальное положение Бенедикта было весьма незначительным. Несколько раз в произведении Бенедикт переживает некое «вознесение»: в первый раз кратковременное, имущественное, а во второй раз – социальное. Была у героя и третья возможность взлета – та, которую автор считает единственно истинной, – взлета духовного, но Бенедикт отказывается от этой возможности, он не готов к духовному перерождению. Толстая показывает, что количество прочитанных книг не перерастает в качество, Бенедикт не способен на прозрение, его сознание все равно «мышиное», и конь навсегда останется большой мышью.
Первый раз герой чувствует себя барином, когда, наловив целую кучу мышей, идет на рынок и накупает там всякой снеди, обычно недоступной, холопа нанял, чтобы дотащить покупки до дому. Однако ощущение «праздника и смеха» быстро улетучилось, оставив Бенедикту горестные раздумья в холодной пустой избе.