Монографическое исследование истории Крымской войны Е. В. Тарле завершил уже в годы Великой Отечественной войны, когда советский народ, сплоченный чувствами патриотизма и морально-политического единства, показал всему миру, на что способен свободный народ, защищающий свои социалистические завоевания, независимость и честь. Как и все деятели советской науки и культуры, Е. В. Тарле в эти годы был с народом. В тяжелые дни вторжения и нашествия орд гитлеровской армии он не на один день не оставлял своего разящего пера. Уже одно из своих первых публицистических выступлений этого времени, напечатанное в журнале «Большевик», он озаглавил — «Начало конца» [89], и тем самым исторически правильно оценил неизбежные результаты вероломного нападения гитлеровской Германии на Советский Союз. Этой великой верой в победу над врагом была проникнута вся его кипучая публицистическая и пропагандистская деятельность, которой он всецело отдался в годы войны. Он пишет статьи о Кутузове, о Нахимове, об исторических заслугах Красной армии и героических традициях русского флота, о тевтонских рыцарях и их «наследниках», о Сталинградской битве и многие, многие другие. Он совершает большую пропагандистскую поездку по городам и селам Советского Союза; в Москве, Ленинграде, на Волге, на Урале, на Кавказе — везде он выступает с лекциями, докладами на патриотические темы, по актуальным вопросам войны и международного положения Советского Союза. В 1943 г. он выступает на сборе фронтовых агитаторов с лекциями об Отечественной войне 1812 г. В сентябре того же года он выступает на общем собрании Академии наук СССР с большим докладом «О преступлениях гитлеровской Германии и об их подготовке» [90]. В течение всей войны, продолжая вести большую научную, пропагандистскую и публицистическую деятельность, он работал и в качестве члена Чрезвычайной государственной комиссии по расследованию злодеяний немецко-фашистских захватчиков.
Но и после окончания войны и победы над гитлеровской Германией и милитаристской Японией Е. В. Тарле, несмотря на уже преклонный возраст, продолжает свою активную деятельность как ученый, публицист и педагог. Он читает курсы лекций, ведет специальные семинары и руководит аспирантами в Ленинградском университете им. А. А. Жданова, в Московском университете им. М. В. Ломоносова, в Институте международных отношений в Москве. В течение первых трех послевоенных лет он публикует новые исследования по истории внешней политики России и военно-морской истории России: «Чесменский бой и первая русская экспедиция в Архипелаг. 1769–1774» [91], «Роль русского военно-морского флота во внешней политике России при Петре I» [92], «Адмирал Ф. Ф. Ушаков на Средиземном море в 1789–1800 гг.» [93], «Об изучении внешнеполитических отношений России и деятельности русской дипломатии в XVIII–XX веках» [94]. Спустя несколько лет он опубликовал еще одно исследование — «Экспедиция адмирала Д. Н. Сенявина в Средиземное море (1805–1807)» [95] и таким образом издал цикл работ по истории русского военно-морского флота в XVIII и в начале XIX вв. Эти работы, написанные, как всегда, ярко и на основе тщательного изучения неопубликованных источников, по-новому освещают важные страницы отечественной истории. Вместе с тем они во многом пересматривают ряд положений старой дворянской и буржуазной историографии, например, в оценке событий, связанных с Чесменским боем, и роли в этих событиях тех или иных исторических личностей. «В том-то и был, — пишет Е. В. Тарле, — один из вреднейших пороков русской дореволюционной историографии, что ею без тени критики часто принимались свидетельства именитых карьеристов, лгавших напропалую, и без всяких затруднений эти преуспевшие аристократы возводились в ранг «сподвижников» при рассказе о великих исторических событиях вроде Чесменского боя» [96].
Нанеся этой историографии сильный удар, по-новому поставив ряд важных исторических вопросов и правильно осветив забытые, но поучительные страницы истории русского военно-морского флота, Е. В. Тарле, однако, сам в некоторых случаях не полностью преодолел влияние этой историографии. Как справедливо отметила критика, Е. В. Тарле в этих работах не провел четкой грани между вопросом о замечательных подвигах русских моряков и вопросом о завоевательской сущности политики, дипломатии и войн царских властей, в частности Екатерины II. В целом эти работы были восприняты широкими кругами советских читателей с большим интересом.