Рационализация мировоззрения привела в условиях древнегреческой культуры к появлению философии как особой формы общественного сознания, как важнейшей разновидности мировоззрения, стремящейся к определенной системности, к замене образов воображения, фантазии (составляющих содержание мифологии) понятиями. Этот процесс достиг своей кульминации в наиболее дифференцированной философской системе Аристотеля, в которой понятийные познавательные приемы были детально осмыслены и составили особый раздел философии (по замыслу его творца — предшествующий всем другим ее разделам), в античности (уже после Аристотеля) названный логикой. В формах суждений и умозаключений логики были закреплены как достижения научного мышления — математического, биологического, социального, так и многие приемы обыденного мышления той отдаленной эпохи. В средневековой философии аристотелевская логика в основном оставалась образцом рациональности человеческого мышления как в арабоязычном мире, так и на европейском Западе. Некоторое усовершенствование ее, достигнутое в этот исторический период, не могло привести к принципиальным изменениям в методологии познания — как из-за невысокого уровня развития самого научного знания, так и в силу господства авторитаризма в религиозной идеологии и философии средневековья, в частности абсолютизации важнейших положений философии и логики Аристотеля. Интенсивное развитие научного знания к концу эпохи Возрождения и тем более в XVII в. привело к радикальному изменению отношения передовых философов и ученых к традиционной формальной логике и к формированию более общих, простых и действенных принципов новой методологии. Отвергая аристотелевскую логику, такие философы выражали свое неприятие схоластики. Правда, ни Бэкон, ни Декарт не отбрасывали традиционную логику как негодную ветошь и даже считали ее полезной для экономной и более эффективной — по сравнению с обыденным мышлением — передачи уже обретенных знаний, но, как и многие другие философы, они отмечали, что ее роль совершенно ничтожна в открытии новых истин, в формулировании обоснованных, подлинно научных понятий, раскрывающих познавательную никчемность схоластических универсалий (понятий с нечеткими, расплывчатыми признаками, часто отражавших неопределенность обыденного опыта). Во II части «Рассуждения о методе» Декарт пишет: «…в логике ее силлогизмы и большинство других правил служат больше для объяснения другим того, что нам известно», что в ней «немало очень верных и хороших правил», однако к ним примешано немало «вредных и излишних». В «Правилах для руководства ума» даже предлагается перевести логику из области философии в область риторики. Декарт ярче любого другого философа своей эпохи показал непримиримость конфликта между возникшим тогда научным знанием и традиционными понятиями схоластической философии. Конфликт этот был выражен автором «Рассуждения о методе» в противоположность схоластическим опусам в непринужденном, почти разговорном стиле, отличающемся незаурядными литературными достоинствами и рассчитанном на читательскую аудиторию, значительно превосходящую приверженцев цеховой учености.
Следует напомнить, что для совершенствования человеческого знания, в особенности того, которое претендует на статус научности, необходимы два главных фактора — многообразный опыт, без которого невозможно никакое знание, и деятельность по его осмыслению, проясняющая, анализирующая и обобщающая огромную пестроту опыта. Осознание бесплодности схоластической методологии привело многих философов эпохи Возрождения и XVII в. к идее о решающей роли опыта, который в эту эпоху многократно расширился и обогатился по сравнению с античностью и средневековьем. Огромные успехи производственной деятельности сопровождались развитием такого эффективного способа исследования объективных закономерностей, как эксперимент — целенаправленный опыт, дающий конкретные ответы на вопросы, поставленные исследователем. Эта сторона методологии тогдашней философии породила в ней могучее направление, обычно именуемое эмпиризмом. Наиболее ярким представителем методологии эмпиризма был Фрэнсис Бэкон.
С другой стороны, в рассматриваемую эпоху совершенствовалась и интеллектуальная деятельность по осмыслению опыта. На смену традиционной логике приходила математика, в правилах и теоремах которой такая деятельность получала строгую формулировку. Свое концентрированное выражение она нашла в математическом естествознании, где опытно-экспериментальный и математический факторы выступили в неразрывном единстве. И если Галилей предлагал просто заменить традиционную логику математикой, то Декарт разработал достаточно конкретную и обобщенную методологию, которую принято называть рационалистической.