Когда во Флоренции узнали о прибытии Пьеро в Сиену, а затем о его отъезде оттуда — хотя и полагали, что он далеко не продвинется, — командование принял Паоло Вителли, который как раз в эти дни приехал из Мантуи, где сидел в тюрьме: арестован он был в Неаполитанском королевстве, где находился вместе со своим братом Камилло. Утром двадцать восьмого апреля, когда узнали, что Пьеро движется к городу, в ранний час образовали новую Синьорию, с гонфалоньером Пьеро дельи Альберти, членами — сторонниками народного правления и врагами Медичи; в страхе из-за приближения Пьеро они послали Паолантонио Содерини и Пьеро Гвиччардини, чтобы они поторопили выезд Паоло Вителли и сопровождали его, причем их выбрали, особенно Пьеро Гвиччардини, скорее из-за их дружбы с Паоло Вителли, чем из-за вражды с Медичи. Паоло Вителли вместе с ними прискакал к воротам Сан Пьеро Гаттолини и, получив известие, что Пьеро в одной-двух милях оттуда, остановился там и приказал запереть ворота; из опасения, что у Пьеро могут быть сторонники внутри города, во Дворце задержали около двухсот граждан, которых особо подозревали в симпатиях к прежнему правлению; однако никто в городе не взялся за оружие — разве лишь в тот момент, когда стало известно, что Пьеро уходит, — за исключением небольшого числа его смертельных врагов, семейств Нерли, Каппони, Пацци, Строцци, Лоренцо Пьерфранко и других, да и те выступили слишком поздно. Много часов простоял Пьеро перед воротами, а когда увидел, что в городе не наблюдается никакого движения, а оставаться там, где он стоял, небезопасно, то повернул назад и по той же дороге без всяких помех вернулся в Сиену.
После отъезда Пьеро, когда новая Синьория вступила в свои права, произошел великий спор из-за монаха, поскольку гонфалоньер Джованни Каначчи и Бенедетто де'Нерли, оба члена Синьории и смертельные враги монаха, хотели от него отделаться; с другой стороны, мессер Антонио Каниджани и мессер Бальдо Ингирлани защищали его, удерживая, хотя и с большими трудностями, четыре боба в его пользу. И поскольку в этом споре страсти накалились и произошел раскол, то чтобы привести дела в порядок и успокоить город, от обеих сторон были выбраны Бернардо дель Неро, Танаи де'Нерли, Никколо Ридольфи, Паолантонио Содерини, Пьеро Гвиччардини, мессер Аньоло Никколини, мессер Гвидантонио Веспуччи, Бернардо Ручеллаи, Франческо Валори, Пьерфилиппо Пандольфинии Лоренцо ди Пьерфранческо. Однако оказалось, что это не выход, страсти кипели, и, по общему мнению, должно было произойти какое-нибудь возмущение; утром в праздник Вознесения во время проповеди монаха в Санта Липерата поднялся неимоверный шум без всяких причин, просто из-за всеобщей подозрительности; при громких криках у монаха обнаружились признаки великого страха, он не мог продолжать проповедь и в конце концов вернулся в Сан Марко в сопровождении большого числа вооруженных граждан, среди которых был Джованбаттиста Ридольфи с пикой на плече.
Раздоры флорентийцев так и не прекратились, напротив, они разгорались с каждым днем, и наконец в июне папа Александр приказал объявить во Флоренции, что фра Джироламо отлучен от Церкви за то, что во всеуслышание проповедовал еретическое учение, а затем не пожелал по его приказу к нему явиться. Считают, что папа сделал это по собственной воле, но он сделал это тем охотнее, что его подстрекали из Флоренции противники монаха; поэтому, чтобы доказать невиновность монаха, в Сан Марко произвели подписку граждан, которые утверждали, что он хороший и истинный католик. Подписалось около пятисот человек, так что не осталось почти ни одного неподписавшегося из людей его партии; а поскольку из-за отлучения фра Джироламо воздерживался от проповедей и его враги были довольны, казалось, что разногласия немного улеглись.
Примечательно, что в то утро, когда объявили об отлучении фра Джироламо, во Флоренции стало известно о кончине в Риме герцога Критского, любимого сына папы, к чьей смерти, как потом говорили, приложил руку кардинал Валенсии, сын папы, которому было совсем не по душе, что папа отдавал предпочтение его брату. Сторонники монаха видели в этом совпадении знак, которым Бог хотел указать папе, что тот совершил ошибку, отлучив от Церкви фра Джироламо. Потом, в августе, при гонфалоньере Доменико Бартоли, произошло очень важное событие; чтобы его лучше описать, вернусь назад к его истокам.