Первый том был перепечатан с издания «Свободного слова», второй и третий — с издания Элпидина. Последняя, заключительная, глава (быть может, по цензурным соображениям) перепечатана не была.
В том же 1906 г. петербургский издатель Е.В. Герцик предпринял издание «Полного собрания сочинений Л.Н. Толстого, ранее запрещенных».
Е.В. Герцик выпустил все три тома произведения Толстого. Петербургским комитетом по делам печати было возбужденно против Герцика судебное преследование по статье 73 Уголовного уложения (хула православной веры и кощунство), прекращенное определением Петербургского окружного суда от 22 августа 1909 г.
В 1907 г. анонимным издательством в Петербурге было перепечатано «Изложение Евангелия с примечаниями», выпущенное издательством «Свободное слово» в 1901 г. Издание было конфисковано.
В том же 1907 г. московским издательством «Посредник» был перепечатан с издания «Свободного слова» первый том «Соединения, перевода и исследования четырех Евангелий». Книга вышла в количестве 6200 экземпляров и была отпечатана в сентябре, а уже 3 октября Московский комитет по делам печати наложил на нее арест. Однако ко времени получения постановления комитета значительное количество экземпляров издания было уже получено издательством из типографии и распределено по книжным магазинам. Оставшиеся экземпляры были арестованы и препровождены в канцелярию московского градоначальника. Вместе с тем комитет направил книгу судебному следователю Московского окружного суда для возбуждения уголовного преследования против издателя по статье 73-й.
Судебный следователь Московского окружного суда по важнейшим делам, ознакомившись с содержанием первого тома книги Толстого, изданного «Посредником», не нашел возможным согласиться с мнением Комитета по делам печати «по вопросу о квалификации преступления». Судебный следователь нашел, «что все евангельские повествования, а также все учение Иисуса Христа в книге графа Толстого получает совершенно иной характер, соответствующий основной идее автора и решительно противоречащий не только воззрениям православной церкви, а вообще всех христианских вероучений. По мысли автора, основным началом его истинного христианского вероучения служит совершение дел Христа, то есть дел добра, единение людей и всеобщая любовь между ними, а первым и главным догматом этого вероучения является разумение, которое заменило Бога и которое и есть Бог. Эти главные положения автора книги и легли в основу его нового вероучения, все же догматы православной церкви, начиная от признания существования Бога как творца всей вселенной и кончая внешним богопочитанием, признаны им вымыслом и совершенно опровергнуты. Таким образом, все положения и мысли автора, инкриминируемые Комитетом по делам печати, не соответствуют понятию того преступного деяния, которое характеризуется текстом 73 статьи Уголовного уложения. Здесь нет ни хулы, ни кощунства в их тесном смысле; хульные и кощунственные выражения автора составляют естественное последствие той основной идеи, которая проводится в книге и которая заключается в полном, бесповоротном отрицании всего христианского вероучения и всех догматов православной церкви, начиная с отрицания бытия Бога, Отсюда книга автора должна быть признана заключающею в себе пропаганду нового еретического вероучения и выпущенную для совращения из православия».
В июне 1908 г. в издательстве «Посредник» вышли в свет в одной книге второй и третий тома «Соединения, перевода и исследования четырех Евангелий».
25 июня 1908 г. типографией Кушнерева были представлены в Московский комитет по делам печати экземпляры отпечатанных второго и третьего томов «Соединения, перевода и исследования четырех Евангелий». Комитет сейчас же наложил арест на книгу, так что издательством была получена только некоторая часть из общего количества пяти тысяч экземпляров. 3 июля Комитет направил заявление — теперь уже прокурору Московской судебной палаты — о том, что он просит возбудить против автора названной книги графа Л.Н. Толстого, а также против представителя книгоиздательства «Посредник» судебное преследование по статьям 73 и 129 (возбуждение к ниспровержению существующего строя) Уголовного уложения. Путем приведения ряда цитат Комитет доказывал, что «книга является таким же, как и первый том, дерзостно-кощунственным произведением печати, направленным к разрушению в народе веры христианской и главным образом православной и к уничтожению в нашем отечестве и в других христианских государствах всякого общественного и государственного строя».
Толстой, "задавшись преступной мыслью поколебать все устои, на которых зиждется государственный и общественный строй, и главным образом веру христианскую , «искажает, под предлогом научного исследования, текст и смысл св. Евангелия четырех евангелистов, толкуя их так, чтобы толкование подтверждало его буйственные затеи».