Ее приговорили к каторжным работам — через пять лет отважная девушка бежала из Сибири, работала нелегально в России, а затем перебралась в Швейцарию. Тюрьмы довели ее до неизлечимой болезни, превращавшей деятельного человека в беспомощного инвалида. Жить вне революционной борьбы Софья Бардина не смогла и покончила с собой.
Никогда не забывала Ковалевская этих людей — жертв тупого ожесточения царских приспешников. Отговаривая Марию Янковскую, за которой охотилась русская охранка, от одной ненужно рискованной нелегальной поездки в Россию, Софья Васильевна писала ей: «…Я не могу хладнокровно представить себе тебя, такую нервную, полную жизни, где-нибудь в глубине русской тюрьмы, осужденной на много лет изгнания в Сибирь, — одним словом, подверженной мучениям медленной и неизбежной смерти, ожидающей политических преступников в России. Эта смерть хуже смерти на виселице, так как она гораздо мучительнее, а надежда на бегство, в сущности, минимальная».
И, отвечая настоятельной потребности сердца, Софья Васильевна задумала возложить венок на самую дорогую среди множества могил — на могилу Н. Г. Чернышевского, написав повесть «Нигилист».
«…Теперь я заканчиваю еще одну новеллу, — сообщала она Марии Янковской, — которая, надеюсь, заинтересует тебя. Путеводной нитью ее является история Чернышевского, но я изменила фамилии для большей свободы в подробностях, а также и потому, что мне хотелось написать ее так, чтобы и филистеры читали ее с волнением и интересом. Я окончу ее через несколько дней, и если ты пожелаешь перевести ее на французский язык, то я пришлю тебе рукопись».
С нескрываемой преданностью показала Софья Васильевна под именем Михаила Гавриловича Чернова — Н. Г. Чернышевского — обаятельный облик, благородство, глубокий ум и большое литературное искусство вождя революционных демократов.
«…Вообще в те редкие случаи, когда Михаил Гаврилович вступал в разговор, — писала Ковалевская, — он тотчас овладевал всей беседой и подчинял себе всех слушателей. Красноречие у него было какое-то особенное, совсем не цветистое: он никогда не искал фраз, слов, и доводы являлись сразу и становились в ряды, как хорошо дисциплинированные солдаты, причем у слушателей обыкновенно являлось приятное самообольщение, что мысль Михаила Гавриловича стала им ясна сама собой, прежде чем он успел ее развить. Несмотря на обычную сдержанность Чернова, молодежь его обожала, и личное его влияние равнялось почти влиянию его журнальных статей».
Ковалевская запомнила рассказы о Чернышевском его двоюродных брата и сестры — А. Н. Пыпина и П. Н. Фандер Флит, жены — Ольги Сократовны, сыновей — Михаила и Александра, доктора П. И. Бокова и других. По этим воспоминаниям она смогла восстановить атмосферу, царившую в «Современнике».
«…Разговор в кабинете, — рассказывала она об одном из очередных собраний в редакции, — был очень оживленный, и, как следовало ожидать, предмет беседы составлял новорожденный, в честь которого собрались сегодня: новая книжка журнала. Все присутствовавшие уже успели просмотреть ее, и все были согласны, что этот номер по составу своему был даже удачнее прежних». Ковалевская описывает содержание литературного отдела: первая глава повести Слепцова казалась, по ее словам, выхваченной прямо из современной жизни; новая поэма Некрасова так и забирала за живое. Даже переводная часть, и та была интересна: печатался новый роман Шпильгагена «От мрака к свету», способный задеть в душе русского читателя живые струны. Но не в литературном отделе, однако, была главная сила: интерес был весь сосредоточен на внутреннем обозрении.