Бесчисленные венки от университетов, академий, от друзей, учеников, от петербургских Высших женских курсов, от Женского союза Фредерики Бремер, от датских учащихся-женщин, от читательского женского союза в Копенгагене, Северного музея заполняли траурно убранную гостиную в квартире Ковалевской. Среди этих драгоценных венков выделялся скромный лавровый венок с белыми камелиями и краткой надписью на белой ленте «Соне от Вейерштрасса» и ветка сирени «Тане Раевской — почитательница из провинции».
Петербургская академия наук выразила свою скорбь по поводу невознаградимой потери члена-корреспондента. Прислали телеграммы студенты Харьковского университета, учащиеся воскресной школы Тифлиса и множество других лиц и организаций.
Глядя на благородное лицо Ковалевской, которому смерть придала особенное спокойствие, Эллен Кей думала о своей подруге: только один раз за годы знакомства с ней привелось Кей видеть у живой Сони такое же выражение умиротворения. Это было на концерте филармонии, где Софья Васильевна в обществе Максима Ковалевского слушала Девятую симфонию Бетховена…
Мысли присутствовавших на погребении нашли выражение в стихах брата профессора Миттаг-Леффлера поэта Фрица Леффлера «На смерть С. В. Ковалевской»:
К месту последнего прибежища, к Новому кладбищу, гроб «нашего профессора Сони», как называли шведы русскую ученую, провожали все жители Стокгольма. Торжественная и печальная процессия достигла кладбища только к трем часам дня.
На холме Линдхаген, у края могилы, потрясенный Г. Миттаг-Леффлер прощался со своим товарищем от имени Стокгольмского университета, от имени работников на математическом поприще во всех странах, близких и далеких друзей и учеников. Он благодарил Ковалевскую «за глубину и ясность, с которой она направляла умственную жизнь юношества… за сокровища дружбы, которыми она оделяла всех близких ее сердцу».
Максим Ковалевский, которому Миттаг-Леффлер сообщил о болезни Софьи Васильевны, не застал в живых своего друга. Ему, такому же бесприютному сыну России, как и славная ученая, выпала печальная честь произнести последнее слово привета от тех соотечественников Ковалевской, с которыми была она всегда связана чувствами, мыслями и делами.
— Софья Васильевна! — сказал он. — Благодаря вашим знаниям, вашему таланту и вашему характеру вы всегда были и будете славой нашей родины. Недаром оплакивает вас вся ученая и литературная Россия. Со всех концов обширной империи, из Гельсингфорса и Тифлиса, из Харькова и Саратова, присылают венки на вашу могилу.
Вам не суждено было работать в родной стране, и Швеция приняла вас. Честь этой стране, другу науки! Особенно честь молодому Стокгольмскому университету! Но, работая по необходимости вдали от родины, вы сохранили свою национальность, вы остались верной и преданной союзницей юной России, России мирной, справедливой и свободной, той России, которой принадлежит будущее. От ее имени прощаюсь с вами в последний раз!
Могильный холм покрылся цветами и венками. Через пять лет на нем был установлен памятник из черного финляндского гранита, сделанный на деньги, которые собрал по подписке Комитет общества для доставления средств Высшим женским курсам.