Император, преследуемый призраком тайного общества, все более и более становился недоверчивым, даже к людям, в преданности которых он, казалось, не мог сомневаться. Генерал-адъютант князь Меншиков, начальник канцелярии главного штаба, подозреваемый императором в близком сношении с людьми, опасными для правительства, лишился своего места. Князь П. М. Волконский, начальник штаба его императорского величества, находившийся неотлучно при императоре с самого восшествия его на престол, лишился также своего места и на некоторое время удалился от двора. Причина такой немилости к Волконскому заключалась в том, что он никак не соглашался ехать в Грузино на поклонение Аракчееву. Князь Александр Николаевич Голицын, министр просвещения и духовных дел, с самой его молодости непрерывно пользовавшийся милостями и доверием императора, внезапно был отставлен от своей должности. В это время Аракчеев сблизил монаха Фотия с императором. Фотий был человек не совсем пошлый: малообразованный, изувер с пламенным воображением, он сильно действовал, особенно на женщин, смелостью и неожиданностью своих выражений. Скоро он овладел полным доверием императора, доказав ему, что благочестие и набожность светских людей, в том числе и князя Голицына, суть не что иное, как отступничество от истинного православия, которое одно ведет к вечному спасению. С этих пор император стал усердно посещать монастыри, беседовал со схимниками, посылал значительные вклады в разные обители и начал строго соблюдать все обряды греко-российской церкви. Многие книги, напечатанные на счет правительства, были запрещены, в том числе и Естественное право Куницына и книжка, сочиненная Филаретом, теперешним митрополитом московским. За эту книжку, напечатанную по именному повелению, а потом у всех отобранную, и пострадал князь Голицын. Цензура сделалась крайне стеснительна. В университетах многие кафедры уничтожены; во всех училищах запрещено учить мифологии древних, так как во всех высших заведениях преподавалась древняя словесность. В последние годы своего царствования император сделался почти нелюдимым. В путешествиях своих он не заезжал ни в один губернский город, и для него прокладывалась большая дорога и устраивалась по местам диким и по которым прежде не было никакого проезда.