На них — Томпсон постепенно извлек из колодца 26 таких дисков — майя изобразили своих богов, взятие майяских городов тольтекскими воинами и даже эпизоды морских сражений, а также человеческие жертвоприношения.
Сенот сдавался на милость победителя и вручал отважному исследователю неопровержимые доказательства достоверности рассказа епископа Ланды о человеческих жертвоприношениях у майя. Томпсон нашел жертвенный нож с рукоятью в виде змеи. Такими ножами тольтекские жрецы вырезали у своих жертв сердце. А потом Томпсон поднял со дна сенота несколько девичьих черепов. Кости невест, принесенных в жертву, были главными свидетелями Томпсона, окончательно подтвердившими его победу.
Всего же за четыре года исследований, с 1904-го по 1907 год, было обнаружено несколько тысяч уникальных находок. Впервые в руки ученых попали бесценные предметы быта и верований древних жителей, населявших некогда полуостров Юкатан. Впоследствии большинство из них поступило в Музей археологии и этнологии Гарвардского университета (США). Их изучение показало, что майя вели широкую торговлю с племенами ацтеков, обитавшими далеко от Юкатана: на северо-западе вплоть до долины Мехико, а на юге — до территории современной Колумбии, Коста-Рики и Панамы.
Ученые обратили внимание также на то, что большинство нефритовых и золотых изделий было разбито. Разбивали их явно намеренно, причем таким образом, чтобы головы и лица фигурок оставались целыми. Очевидно, они считались «живыми», и их «убивали» перед тем, как принести в жертву.
Главная цель экспедиции была достигнута, но эта победа далась нелегко. Во время одного из погружений Томпсон, увлекшись, поздно открыл воздушный вентиль водолазного скафандра и был выброшен на поверхность как раз в том месте, где стоял водолазный понтон. От сильного удара головой о понтон он потерял сознание и в итоге лишился на всю оставшуюся жизнь слуха. Да что там слуха — древние боги майя в буквальном смысле забрали его жизнь: почти всю ее он провел на асьенде Сан-Исидоро, у храмов города «Пернатого змея» и «Священного колодца» Чичен-Ицы. Между 1910 и 1930 годами Юкатан потрясло несколько политических переворотов и мятежей. Во время одного из таких переворотов асьенда, в которой жил Томпсон и где находилась его лаборатория, была полностью разрушена. При этом безвозвратно погибли его великолепная библиотека по древностям майя и многие бесценные предметы, найденные среди развалин города. Позднее асьенду восстановили и сдали в аренду вашингтонскому Институту Карнеги в качестве базы для его обширной программы раскопок и исследований в Чичен-Ице. Вслед за этим между Томпсоном и мексиканским правительством возникли юридические осложнения по поводу предполагаемой стоимости предметов, добытых из «Священного колодца». «Сокровище Томпсона» мексиканские власти оценили в пол миллиона долларов — сыграло свою злую шутку сравнение журналистами находок Томпсона с гробницей Тутанхамона. Попытки консула доказать, что найденные им находки представляют исключительную научную значимость и не могут иметь рыночную, не убедили государственных чиновников. В счет «компенсации» за переданные в гарвардский музей предметы власти конфисковали его имущество и потребовали выплаты суммы в 500 тысяч долларов. В итоге Томпсону пришлось отказаться от планов дальнейших исследований в Чичен-Ице.
В 1954 году группа аквалангистов Мексиканского клуба исследований и водного спорта (СЕДАМ) во главе с Пабло Буш Ромеро предприняла попытку продолжить работы Томпсона. Однако безуспешно: видимость в колодце была очень плохой, а наладить искусственное освещение не удалось.
В 1960–1961 годах проникнуть в тайну сенота Чичен-Ицы попыталась экспедиция, организованная Национальным институтом антропологии и истории Мексики совместно с Национальным географическим обществом США. В течение четырех месяцев мексиканские водолазы под руководством американиста Эусебио Давалоса Уртадо практически на ощупь «прочесывали» дно колодца. В результате удалось поднять немало интересных предметов: керамический кубок, своеобразную фигурку идола высотой в тридцать сантиметров, сделанную из чистого каучука, золотые подвески, бусы, куски полированного нефрита и множество колокольчиков, привезенных сюда, как выяснилось, из центральных районов Мексики и Гондураса. Нашли даже камни храма, стоявшего некогда над колодцем на помосте.
Самыми удачными стали последние дни экспедиции. Со дна колодца извлекли интереснейшие вещи: деревянную куклу в истлевшей одежде, привезенную, очевидно, издалека, каучуковые фигурки людей и животных, деревянные украшения с мозаичными вставками, прекрасные костяные ножи, рукоятки которых были украшены иероглифами и покрыты золотой фольгой. Всего менее чем за четыре месяца исследователи извлекли со дна 4000 предметов.