Спасательная экспедиция была быстро организована, и 17 июля фрегат «Нуэсгра Сеньора де ла Консепсьон» под командованием капитана Себастьяна де Геррера и шлюп «Сан Педро и лас Анимас» капитана Мануэля Родригеса отплыли из Гаваны. В порту Тринидад (Куба) они присоединились к шлюпу «Нуэсгра Сеньора Саграрио и Сан Франциско Ксавьер» капитана Кристобаля Оливера. На этом судне находилось сорок шесть человек, среди которых было 6 индейцев-ныряльщиков. Командовать спасательной экспедицией должен был Эстебан де Берроа и Уриате. Одной из причин подобного выбора было то, что Берроа в 1679 году участвовал в спасении «Нуэсгра Сеньора де лас Маравильяс» и имел некоторый опыт в этом деле.
7 августа «Сан Педро» достиг Ла Вибора и начал спасательные работы над «Санта Крусом», который был достаточно новым судном и не слишком повреждённым. Часть слитков серебра и монеты, находившиеся на борту, были переправлены на борт спасательного судна, после чего корпус был сожжён, чтобы он не достался англичанам и они не могли воспользоваться железными деталями корпуса, которые были дефицитом в колониях. Спустя два дня Берроа начал работы на «Нуэсгра Сеньора де ла Консепсьон».
Погружения требовали от ныряльщиков большого мужества, поскольку маски, трубки и любые другие устройства, свойственные современным водолазам, не использовались. Заплывая внутрь корпуса, ныряльщики рисковали оказаться в ловушке, быть придавленными грузом или просто погибнуть от баротравмы лёгких. Большой сложностью были подводные течения и непогода, которые затрудняли погружения или делали их вообще невозможными. Тем не менее, несмотря на все сложности, было поднято значительное количество ценных грузов.
Испанцы интересовались прежде всего подъёмом серебра и золота, а также оружия, годного к использованию, поскольку оно стоило достаточно дорого и было дефицитом в Америке. Например, с «Сан Педро и лас Анимас» было поднято четыре «педрерос» — орудия, стрелявшего каменными ядрами, и тридцать бронзовых орудий — «камарас». Было извлечено также большое количество серебра и колониальных товаров.
После окончания спасательной операции 24 августа испанцы сгрузили найденные ценности в Тринидаде, чтобы оставшийся путь они проделали по суше, так как спасателям предстояло обогнуть печально известный мыс Сан-Антонио, где поджидали опасные рифы и пираты.
После возвращения спасательных судов в Гавану практически все находившиеся на борту были обвинены в воровстве и мошенничестве. Было поднято слишком мало ценностей, и это навело власти на мысль, что руководители экспедиции присвоили большую часть себе. Эсгебан де Берроа был обвинён в краже груза с затонувших судов, а капитан Себастьян де Геррера в «мошенническом поведении». Оба были заключены под стражу.
Существуют документальные свидетельства того, что испанцы снарядили ещё одну спасательную экспедицию к банке Педро. 6 сентября 1691 года шлюп под командованием Фермина Салабериа отплыл из Тринидада и достиг Ла Вибора 17 сентября Его основной целью было извлечение железных деталей из корпуса «Санта Круз». На борту находились Франциско Геррера и Бартоломео Хаиме, которые участвовали в прошлой экспедиции Хаиме входил в состав экипажа «Эль Энджела», а Геррера находился тогда на борту «Ла Маргариты». Когда испанцы прибыли на место крушения, то обнаружили, по крайней мере, тридцать различных кораблей, в том числе два военных судна под английским флагом. Проведя на банке Педро несколько дней, испанцы предпочли вернуться в родной порт.
Результатом испанской спасательной экспедиции стало извлечение со дна 154 733 песо и 7 реалов, 32 «педрерос» и 37 «камарас» — все это достаточно далеко от почти двух миллионов песо, якобы находившихся на борту погибших судов.
Ещё примерно 100—150 тысяч песо было спасено англичанами, однако остальная часть ценностей остаётся на дне по сей день.
Вслед за катастрофой, постигшей Флот Материка, возникли вопросы о причинах произошедшего. Хотя причина была очевидна — шторм, это не могло удовлетворить испанские власти. Во всех записях относительно маршрута следования флота говорилось, что он «...соответствует желанию Бога и изменён Божественным величеством». Однако ссылка на божественное предначертание не могла служить отговоркой для судебных властей. Необходим был виновный в гибели четырёх судов, ценного груза и сорока моряков.
По возвращении в Кадис была создана следственная комиссия. Председателем был назначен высокопоставленный чиновник севильской палаты Блас Гонзага де Виллослада — правительственный адвокат из Севильи. Обвинения были выдвинуты против маркиза дель Вадо, двух адмиралов, шести капитанов и трёх лоцманов.
Допросив большое количество свидетелей, Виллослада выяснил, что 2 июня около 21.00 четыре торговых судна из-за серьёзной небрежности адмирала Гаспара де Палакаионса были разрушены на рифах. Виновные понесли наказание, но это не могло изменить судьбу четырёх прекрасных кораблей и огромных ценностей, исчезнувших на банке Педро.
Погибшие корабли флота в 1691 году: