На Анзере еще во времена Зосимы и Савватия устроен был храм во имя святителя Николая Чудотворца. Елеазар поселился возле него. Вскоре к нему пришел монах Кирилл, и так на Анзере образовалось новое поселение монахов.
О подвиге анзерских отшельников было открыто
Примерно в это время Елеазару было видение. Набежала темная грозовая туча и дождем окропила место, на котором будет храм, дождем, как бы освятив его. Некоторые из духовно близких Елеазару монахов на Соловках тоже видели различные видения: то образ храма, то колокольный звон. Даже поморы, посещавшие Анзер, рассказывали о том, что над этим местом простерт Божественный покров.
Преподобный Елеазар Анзерский. Икона XVIII в.
Царица-мать приняла живое участие в устройстве Анзерского скита, послав щедрые дары. Патриарх благословил устройство обители. Ко времени возвращения Иринарха на Соловки возле Елеазара собралось уже около десяти братий, искавших истинно духовной жизни. Вскоре храм на Анзере был основан. В устройстве его принимал участие и сам игумен Иринарх.
После кончины игумена в 1629 году Соловки перестали помогать Анзерскому скиту. Но преподобный Елеазар был вызван в Москву, где с ним беседовал сам царь, пообещавший не оставлять скита. Так на Анзер полились милости царской семьи после того, как Соловки прекратили помощь.
Вскоре царь Михаил Федорович обратился к преподобному Елеазару с просьбой:
В 1633 году на Анзер напали разбойники. Узнав о нападении, царь велел воеводам Двинскому и Сумскому охранять остров. В 1648 году молодой государь Алексей Михайлович грамотой приказывает Соловецким инокам помочь в постройке храма во имя Пресвятой Богородицы на Анзере. В 1649 году преподобный Елеазар снова путешествует в Москву для беседы с царем. По возвращении соловецкие иноки, движимые завистью, арестовали преподобного Елеазара. Некоторое время он провел в темнице, в оковах. В темнице преподобный вел примерно тот же образ жизни, который вел и в скиту. Он молился обычным чином, вкушал понемногу хлеба и воды, никого не обвиняя и не осуждая. Выпустили старца по настоянию Двинского воеводы и преподобного патриарха Никона, который был учеником Елеазара. Последние года его жизни протекли в мире и покое. Он смог увидеть, как расцвел Анзерский скит, его детище.