Во время Великой Отечественной войны старец не оставил своего храма и служил едва ли не каждый день
6 мая 1945 года, когда еще шли военные действия, отец Александр вдруг, после Херувимской, вышел в открытые Царские врата и порывисто воскликнул:
9 мая, после объявления о полной и безоговорочной капитуляции Германии. 9 мая состоялся благодарственный молебен в Богоявленском соборе, на котором присутствовал и отец Александр. С молебна, уставший, он возвращался на метро. Вышел в город на станции «Площадь Революции». Его встретила праздничная толпа, будто обрушилась стена. Священника раздавили бы, но Господь и здесь сохранил его.
Богослужения у Иоанна Воина отличались величественностью и глубиной. Кульминацией утренней был выход священства на
Во время Великого поста, в субботу первой недели и на Великий четверг случалось, что батюшка оставался один, а народу собиралось порой более тысячи. Как мог один пожилой и больной уже священник отпустить такую массу народа, неизвестно. Однако отец Александр для каждого находил слово, читал разрешительную молитву и причащал Святых Тайн. После окончания службы отца Александра выводили под руки. До самого выхода его сопровождала огромная толпа. Засыпали вопросами, получали ответы. Те, кто приходил к батюшке с открытым сердцем и верой, неизменно получали ответы на свои прошения. Почти всегда случалось, что вопрос решался по слову отца Александра. Отца Александра знали не только в Москве, но и по всему Союзу. Власти были недовольны известностью священника.
За два года до кончины отца Александра лишили настоятельства, но оставили «почетным». Патриарх Алексий I относился к отцу Александру с большой любовью. Когда к Святейшему обращались за молитвенной помощью, он тотчас переадресовывал к отцу Александру, уповая на силу молитвы старца. В феврале 1948 года исполнилось пятьдесят лет священнического служения батюшки — Святейший приехал на торжество. В 1949 году, в праздник Введения во храм Пресвятой Богородицы отец Александр в последний раз приехал в храм к богослужению. В феврале 1950 года батюшка почил.