Наибольшую опасность представляла для меня моя деятельность на поприще партизанской войны, когда мне пришлось выступить против начальника штаба партизанского движения П.К. Пономаренко, отстаивая ленинское положение о том, что "партизанское выступление не месть, а военные действия". В результате у нас сложились очень тяжелые отношения. Особенно они стали опасны для меня после того, как я отрицательно отнесся к идее "рельсовой войны", предложенной Пономаренко и одобренной Сталиным.
Вот как это было.
В начале июля 1941 года в штабе Западного фронта я встретился с Ворошиловым, который поинтересовался, готовлю ли я партизан и обещал вызвать и подключать меня по этому делу.
11 июля я встретил группу капитана артиллериста Васильева, вышедшую из тыла противника и тут же я вспомнил положение Дениса Давыдова и Михаила Фрунзе о значении и наших возможностях вести партизанские действия.
Вызова от Ворошилова не было и я пошел к находящемуся в штабе фронта представителю Ставки армейскому комиссару 1 ранга 3.Л. Мехлису. Он принял меня и выслушал мои предложения по вопросам партизанской войны. Я объяснил какое важное, непрерывно возрастающее значение имеет минирование железных дорог в тылу немецких войск, что диверсии на коммуникациях врага потребуют гораздо меньше сил и средств, чем их бомбардировка, что врагу не хватит сил для надежной охраны коммуникаций. Мехлис ничего не предпринял. Тогда я обратился к члену Военного Совета фронта П.К. Пономаренко и показал ему сделанные мною в полевых условиях два образца противопоездных мин ПМС и КЗ ( колесный замыкатель.
Пономаренко попросил меня немедленно представить записку на имя наркома обороны и проект приказа НКО об организации оперативного учебного центра Западного фронта и его штат. На следующий день они были подписаны маршалом Тимошенко, который, оставаясь наркомом обороны, принял командование Западным фронтом. Таким образом, 13 июля был создан оперативно-учебный центр - ОУЦ западного фронта. Начальником его назначили меня.
В задачу ОУЦ входили: подготовка, материально-техническое обеспечение и переброска в тыл противника партизанских формирований.
Свою деятельность я начал с подготовки инструкторов из приданных мне офицеров-пограничников и из наиболее грамотных людей, желавших вступить в борьбу с врагом в его тылу. Это мне удалось сделать в течение двух недель и одновременно, вопреки моему желанию, офицеры-пограничники перебрасывали в тыл противника диверсионные группы и партизанские отряди без должной подготовки по указанию ЦК партии Белоруссии.
В конце августа 1942 года Пономаренко по просьбе Хрущева направил меня, в Киев для подготовки там группы инструкторов, что я сделал за пять суток. Но ни одного партизана, подготовленного нами до войны, я в Киеве не нашел. Когда я представил составленный мною список подготовленных до войны партизан секретарю ЦК компартии Украины Бурмистренко М.Д., то и тот никого не нашел.
В ноябре 1941 года представил Пономаренко отчет о работе ОУЦ за четыре месяца и письмо на имя И.В. Сталина, в котором доказывалась на основе моего испанского опыта и первых донесений партизанских командиров, возвратившихся из тыла, потребность в организации широкой систематической диверсионной работы и предлагались необходимые для этого меры. Я показывал, что танковый батальон - грозная сила на поле сражения - в эшелоне совершенно беспомощен и может быть уничтожен даже двумя диверсантами. Плановыми массовыми диверсиями можно закрыть движение на железных дорогах и ночное движение на автомобильных. Это заставит противника снять с фронта десятки дивизий на охрану коммуникаций, которые затруднят осуществление диверсий, но не исключат их. Я предлагал создать на каждом фронте по одной диверсионной бригаде и широко готовить асов-диверсантов.
Пономаренко не возразил против содержания моего письма, но предложил послать его тов. Сталину от имени ЦК партии Белоруссии. Для надежности. Я согласился. Такое письмо было написано и отправлено. Однако, как я позже узнал, оно было сильно отредактировано: в нем не было приведенных мною выражений о том, что партизанские выступления не месть, а военные действия; о тем, что основная цель партизанской войны - отрезать войска противника от источника снабжения; о том, что, надо готовить асов-диверсантов. Больше того, предлагалось от длительной подготовки одиночек или групп "классиков-диверсантов" перейти к широко организованной, планированной массовой диверсионной работе. Но, как показал опыт партизанской войны в Испании, это можно было достичь только при наличии достаточного количества классиков-диверсантов.
В своих работах Пономаренко пишет, что это письмо написано им на основе опыта, полученного в результате трех месяцев партизанской борьбы. В действительности, мое письмо, которое использовал Поыемаренко, было написано на опыте партизанской войны в Испании.