С первого дня работы ЦШПД его усилия были направлены на организацию связи с партизанскими отрядами. Для этого была создана радиошкола. После разгрома немцев под Москвой Сталин дал указание прекратить работу по формированию штабов партизанского движения, а центральную радиошколу перевели на бюджет Совнаркома Белоруссии.
Весной 1942 года началось мощное наступление немцев на юге. В результате 30 мая было принято решение ГКО: в целях объединения руководства партизанским движением в тылу врага и для его дальнейшего развития создать центральный штаб партизанского движения (ЦШПД) при Ставке Верховного Главнокомандования, а также образовать Украинский, Брянский, Западный, Калининский, Ленинградский и Карело-Финский штабы партизанского движения. Впоследствии: были созданы другие штабы. П.К. Пономаренко был назначен начальником ЦШПД.
В конце августа меня срочно вызвал в Москву заместитель министра обороны генерал Щаденко Е.А. и, вопреки моим возражениям приказал мне явиться в распоряжение начальника ЦШПД, не сдав командование пятой отдельной инженерной бригады.
Пономаренко назначил меня начальником технического отдела ЦШПД и согласился со мной о формировании высшей оперативной школы с использованием группы испанцев.
6 сентября был учрежден пост Главнокомандующего партизанским движением во главе с К.Е. Ворошиловым.
8 сентября по предложению Ворошилова меня назначили помощником начальника ЦШПД по диверсиям. Ворошилов, имея опыт партизанской войны, проделал большую работу по материально-техническому обеспечению партизан.
Еще в начале августа 1942 года мы с комиссаром пятой отдельной инженерной бригады А.И. Болотовым написали письмо И.В. Сталину и обосновали необходимость срочного создания диверсионных бригад. Нас поддержал Командующий Калининским фронтом И.С. Конев. Письмо попало Ворошилову. Узнав об этом, Конев направил нас к нему. Ворошилов принял нас в присутствии М.И. Калинина. Они полностью согласились с нашим предложением. Ворошилов позвонил помощнику Маленкова, который нас принял. Маленков прочитал письмо и приказал явиться вместе с начальником инженерных войск Красной Армии с планом создания таких войск. На следующий день мы с таким планом явились к Маленкову. Он познакомился с ним и позвонил Василевскому, начальнику Генштаба, чтобы тот принял нас и сказал ему, что наше предложение ГКО утвердит.
Василевский прочитал наши предложения, поинтересовался, как мы будем перебрасывать эти бригады в тыл противника. Мы ответили, что, главным образом, через линию фронта и по воздуху. Опыт наземной переброски — у нас уже есть. Других вопросов он не задавал. Но вместо бригад были созданы отдельные батальоны минеров без нужных для них средств радиосвязи. Но они, несмотря на это, успешно действовали в тылу противника. Однако, не было создано централизованного ими руководства.
В октябре 1942 года Ворошилов, начальник оперативного управления ЦШПД Сивков и я подписали письмо И.В. Сталину о необходимости военизации партизанских сил в тылу врага, создании крупных соединений вплоть до дивизий и корпусов. Генерал Сивков был у Василевского, тот возразил. Начальник ЦШПД категорически возразил. Я был на приеме у Маленкова, тот уже ничего не решил. А в ноябре 1942 года был упразднен пост Главнокомандующего партизанским движением, якобы из-за излишней централизации, а также по тому, что партизанским движением лучше руководить, чем командовать.
7 марта 1943 года был ликвидирован ЦШПД и в тылу противника самостоятельно действовали партизанские формирования, руководимые периферийными штабами партизанского движения, органами разведки Красной Армии, НКВД, гвардейские минеры. Это иногда приводило к тому, что одни партизаны вербовали разведчиков на контролируемой противником территории, другие их уничтожали.
17 апреля 1943 года ЦШПД вновь был восстановлен, но Украинский штаб остался в подчинении Ставки. Окончательно ЦШПД был упразднен 14 января 1944 года, когда партизанская война была в самом разгаре.
Роковую роль в том, что я 62-й год нахожусь в звании полковника и не получил ряд заслуженных наград, сыграло наше разногласие с П.К. Пономаренко, а позже с маршалом Голиковым.