При столь нелегких трудах игумен Филипп не усомнился приступить к строительству соборного храма в честь Успения Божией Матери. В храме также предполагалось возвести придел в честь Усекновения главы Иоанна Предтечи и присоединить к храму просторную трапезную палату. Надеясь на помощь Государя, игумен Филипп обратился за помощью в Москву. Иоанн IV Грозный был в то время особенно щедр к Соловецкой обители и пожаловал монастырю в 1550 году Колежемскую волость, а в следующем году деревню Сороцкую (Сорока, ныне Беломорск), где при Троицкой церкви первоначально был погребен преподобный Савватий.
Успенский собор был возведен искусными новгородскими зодчими. В 1557 году, в праздник Успения Пресвятой Богородицы, игумен Филипп освятил новый храм.
Вскоре после освящения Успенского собора игумен Филипп объявил братии о своем намерении построить еще более великолепный храм в честь Преображения Господня. Часть иноков высказывала опасение, что нет достаточных средств.
Уповая на Божию помощь, игумен Филипп приступил к строительству. Спасо — Преображенский собор был заложен в 1558 году. «С особенною любовию занимался Филипп сооружением этого храма; все делалось под неусыпным надзором его: своими руками он участвовал в работах, примером своим возбуждая ревность в работавших» (1, с. 51).
Строительство при игумене Филиппе завершено не было, но он успел приготовить утварь, сосуды, образа, ризы, кадила, серебряные подсвечники, цветные стекла для окон, и под папертью, с северной стороны, ископал себе могилу.
Тщательно потрудился будущий всероссийский архипастырь над увековечением памяти о первоначальниках Соловецкой обители и о ее славных подвижниках. То, что ныне известно о них нашему современнику, стало возможным во многом благодаря заботе святого Филиппа. Им было устроено нечто, подобное монастырскому музею, где хранилось множество святынь и монастырских реликвий, в том числе, разысканных им лично. Особо почитаемы были: икона Пресвятой Богородицы Одигитрии, с которой сам преподобный Савватий–чудотворец прибыл на остров, Псалтирь преподобного чудотворца Зосимы и его священнические ризы. Всё было искусно отреставрировано и описано.
И не только в самой обители проявились благие плоды его трудов. В монастырских волостях он входил во все нужды крестьян, вплоть до того, что из монастыря отпускали дрова для варки соли в деревнях. Игумен сам указывал, когда и какие работы проводить, и какими семенами засевать поля. Наиболее вредные пороки — пьянство, а также, как и сейчас, распространившиеся азартные игры — были им запрещены под угрозой изгнания нарушителей из монастырских волостей.
Но более всего игумен Филипп конечно уделял внимание духовной жизни братии. «Переходя от подвига к подвигу, возвышаясь от добродетели к добродетели, он действовал на сердца примером гораздо более, чем словами, — силой любви несравненно более, чем силой власти».
Четверо подвижников, подвизавшихся в обители под игуменским началом будущего святителя–священномученика Филиппа, прославлены Церковью в лике святых. Это — преподобные Вассиан и Иона Пертоминские и святые миряне Иоанн и Лонгин Яренгские.
Близилось время, когда игумен Филипп должен был навсегда покинуть Соловецкую обитель и взойти к высокому служению митрополита всея Руси.
Помимо прочих важных обстоятельств, внимание царя Иоанна Грозного к Соловецкой обители было связано, с тем, что он лично с детства был знаком с игуменом Филиппом и благоволил ему. Царь неоднократно призывал подвижника в Москву. В 1566 году святой Филипп был вызван особой грамотой «духовного ради совета». Свой путь в столицу соловецкий настоятель направил через Новгород. Граждане древнего города просили его быть их заступником перед царем, зная о случающихся страшных проявлениях гнева Грозного. Игумену шел уже 60–й год.
А дело оказывалось в том, что в 1566 году Русская первосвятительская митрополичья кафедра стала свободной, и для поставления на нее нового достойного митрополита выбор многих русских епископов и царя пал на соловецкого игумена. Царь объявил прибывшему игумену Филиппу, что по его державной воле и соборному избранию тому должно стать митрополитом. Игумен просил со слезами просил Грозного царя не налагать на него столь тяжкого бремени: «Нет, милосердый Государь, не разлучай меня с моею пустынею; не налагай на меня бремени выше сил. Отпусти, Господа рада, отпусти; не вручай малой ладье бремени великого» (12, с. 171).
Но царь Иоанн был непреклонен и поручил архиереям и боярам уговорить Филиппа. Тогда, пламенно помолившись Богу, Пречистой Владычице и святым Божиим угодникам, соловецкий игумен согласился принять этот высокий сан лишь с условием, что будет уничтожена или хотя бы ослаблена «опричнина», от которой исстрадалась тогда Русская земля.
Святитель Филипп был посвящен в митрополита Московского и Всея Руси 25 июля 1566 года. Сам царь казался растроганным миролюбивой речью новопоставленного митрополита.