Серьезные внутренние разногласия не позволили правительству в достаточной мере укрепить свой авторитет. Кризис разразился 26 июля 2006 г., когда группа парламентариев и министров выступила с критикой стиля руководства премьер-министра Али Мохаммеда Геди. После этого ряд членов кабинета министров подали в отставку. 30 июля 2006 г. премьер-министр чудом избежал вынесения ему парламентом вотума недоверия. Однако голосование в парламенте не привело к урегулированию кризиса, и министры, входящие в состав правительства, продолжали подавать в отставку. За короткий срок правительство покинули 40 министров[267]
.5 августа 2006 г. в Байдоа с посреднической миссией прибыла делегация Эфиопии, возглавляемая министром иностранных дел Сейюмом Месфином. Кульминацией визита стало подписание меморандума о взаимопонимании в целях прекращения кризиса в переходных федеральных учреждениях. 10 августа президент Юсуф Ахмед объявил о роспуске правительства и предложил премьер-министру Геди назначить менее многочисленный, но более квалифицированный кабинет. 18 августа 2006 года премьер-министр Геди объявил состав нового совета министров.
Второй раунд мирных переговоров между обеими противоборствующими сторонами начался в Хартуме 2 сентября 2006 г. под эгидой ЛАГ. Через два дня Переходное федеральное правительство и Верховный совет исламских судов подписали соглашение, в котором они, в частности, договорились:
• воссоздать национальную армию и национальную полицию Сомали и работать над реинтеграцией сил СИС, ПФП и других вооруженных формирований после заключения соглашения о политической программе;
• придерживаться принципа мирного сосуществования в отношениях между Сомали и ее соседями;
• обсудить неурегулированные аспекты, включая политические вопросы, вопросы распределения властных полномочий и вопросы безопасности[268]
.Одновременно с фактическим поражением Переходного федерального правительства продолжился процесс дезинтеграции страны и создания новых автономий по типу Пунтленда. Члены клана сад/хабр-гедир/хавийя объявили о создании нового автономного государства со столицей в Галькаио, названного Галмуцуг, который объединяет территории Галгудуца и Муцуга. Кроме того, председатель Альянса долины реки Джуба Аден Шире «Хирале», занимавший также пост министра обороны в Переходном федеральном правительстве, предложил создать автономный район Джубаленд, включающий районы Нижней и Средней Джубы и район Гедо[269]
. Однако после перехода 24 сентября 2006 г. в руки Верховного совета исламских судов города Кисмайо (столицы этого региона) этот план был забыт.В итоге исламисты начали последнюю атаку против столицы правительства Байдоа, но вмешательство эфиопских войск сорвало наступление[270]
. Поначалу помощь эфиопов союзникам ограничивалась посылкой инструкторов, артиллерийской поддержкой и посылкой боеприпасов. Но после того как исламисты объявили джихад против Эфиопии[271], прямые боевые столкновения эфиопских войск с исламистами случались все чаще. Одновременно в конфликт втянулись и войска Пунтленда, поддержав в провинции Мудуг отряды члена АР-ПСТ Абди Авале Кебдида[272]. До этого Пунтленд оставался в стороне, несмотря на то, что президент Юсуф Ахмед был ранее лидером этой автономии. Президент мог использовать только ему лично подчиненных боевиков. Однако победоносное наступление исламистов начало напрямую угрожать и Пунтленду20 декабря эфиопские войска начали полномасштабное наступление против отрядов СИС. Исламистские командиры не могли противостоять их танковым колоннам, наступавшим при мощной авиа- и артиллерийской поддержке. Отряды правительства Сомали сопровождали их как мобильная пехота. Общая численность эфиопских войск достигла 30 тысяч[273]
, плюс несколько тысяч в правительственных и союзных им отрядах. Им противостояли до десяти тысяч исламистов. В их отрядах работали эритрейские инструкторы, в их рядах сражалось, как утверждают западные источники, до 2 тысяч добровольцев из Эритреи[274].