Первые франсисканские монахи, направленные из Мексики и Гватемалы, прибыли в Мериду в 1545 г. В 1549 г. прибыли еще монахи из Испании, в том числе Дивго де Ланда. Главой франсисканской миссии в Юкатане был избран Луис де Вильялъпандо, лучший в то время знаток языка майя. На первых порах позиции церкви в Юкатане были очень слабыми. Конкистадоры отнюдь не желали делиться с монахами доходами от грабежа индейцев. Монахи занялись прежде всего основанием монастырей и организацией школ при монастырях. В этих школах они обучали, или, точнее, развращали, детей знатных индейцев, насильственно взятых у родителей. Индейским детям старались всеми способами привить отвращение к древней культуре их страны, готовя из них верных слуг и шпионов церкви. К 1549 г. уже были основаны монастыри в Кампече, Мериде, Мани, Конк'але, Ицмале. Одновременно монахи развернули шумную кампанию против конкистадоров, захвативших все богатства страны в свои руки. Они обвиняли испанских помещиков в нарушении законов об отмене рабства, в использовании индейцев в качестве вьючного скота и множестве других злоупотреблений. Конкистадоры в свою очередь обвиняли монахов в том, что они зверски эксплуатируют индейцев на строительстве каменных монастырских зданий. В текстах майя о церковном строительстве говорится как об одном из страшных бедствий. Монахи в оправдание ссылались на то, что каменные монастыри нужны не только им, но и как крепости на случай восстания индейцев и, по совместительству, как школы.
Монахам удалось добиться присылки в Юкатан нескольких королевских чиновников, которые пытались умерить аппетиты конкистадоров и до известной степени ограничили их произвол. Позиции церкви стали постепенно укрепляться. 13 ноября 1561 г. в Мериде собрался капитул, который постановил, с одобрения верховного капитула франсисканцев, объединить Юкатан и Гватемалу в одну церковную провинцию. Духовным главой провинции был избран Диэго де Ланда. Он должен был проживать по два года попеременно в Мериде и в Гватемале. Но Ланда развернул такую ретивую деятельность, что уже через год был смещен. Еще во время заседаний капитула он получил известие, что в Мани индейцы продолжают приносить "языческие" жертвы. Служка-индеец монастыря в Мани обнаружил в одной пещере оленя с вырванным сердцем и статуэтки богов. Настоятель монастыря довел об этом до сведения капитула, и Ланда поспешно бросился в Мани. Не будучи епископом, Ланда не имел права вести инквизиционное следствие, но это его не остановило. Он приказал схватить подозреваемых в "апостасии" (отступничестве от христианства). В таких "подозреваемых", конечно, недостатка не было, потому что почти никто из индейцев не знал толком, что такое христианство. Обыкновенно монахи уговаривали "касиков" принять христианство, а все подданные "касика" после этого оптом принимали христианство, подражая ему.
Ланда добивался признаний в "апостасии" изощренными пытками, которые столь тщательно разработала испанская инквизиция. Для начала схваченным индейцам давали до 200 ударов плетью; если этого оказывалось недостаточным, то их подвешивали на вывернутых руках, обливали спину кипящим воском, жгли каленым железом или подвергали пытке водой. Последняя состояла в том, что через рог, вставленный в горло пытаемого, лили горячую воду, затем один из палачей становился на пытаемого, и вода, смешанная с кровью, лилась изо рта, носа и ушей. Индейцы десятками умирали от пыток, и в монастырских застенках появлялись новые жертвы. По сообщениям современников, пыткам и телесным наказаниям было подвергнуто 6330 человек, мужчин и женщин; из них 157 вскоре умерло от последствий пыток, а большинство оставшихся в живых стали калеками на всю жизнь. Одновременно инквизиция начала такую же деятельность в других провинциях, в частности в Сотуте. Пытки продолжались почти десять месяцев. 12 июля 1562 г. Ланда "отпраздновал" в Мани торжественное ауто-да-фе, на котором присутствовал главный алькальд, испанцы и индейская знать. На кострах этого ауто-да-фе погибли последние, еще уцелевшие реликвии древней культуры майя — рукописи, написанные иероглифическим письмом, статуи, художественные сосуды с изображениями. Многие схваченные индейцы повесились в тюрьме до ауто-да-фе или умерли от пыток. Монахи вырыли из могил 70 трупов и бросили их в костер. Пока они горели, оставшиеся в живых жертвы инквизиции, одетые в шутовские одежды (сан бенито), подвергались истязаниям и издевательствам.