Пасквиль, авторство которого приписывали Нейгебауэру, поставил в двусмысленное положение и супругу Брюса, которая якобы разделяла ложе с Меншиковым, что является сущей воды клеветой. Само по себе появление небольшой книжицы в Германии, да еще без обозначения типографии, не дало бы почвы для запятнания чести Брюса в России, где вряд ли нашлось много людей, знакомых с ее содержанием. Но в 1705 году соотечественник Нейгебауэра барон Гюйссен, благожелательно относившийся к России, опубликовал собственную брошюру на немецком и русском языках под выразительным названием «Пространное обличение преступного и клеветами исполненного пасквиля». Этой брошюрой автор, намеревавшийся разоблачить клеветнические инсинуации Нейгебауэра и защитить доброе имя Брюса, оказал последнему медвежью услугу, ибо воспроизвел на русском языке к тому времени забытую историю и сделал ее содержание достоянием широкой публики. Оправдывая Брюса, он нанес ему душевную рану. Гюйссен писал, что Брюса послали осаждать Нарву, а также обязали «доставить туда из Новгорода нужные военные припасы для войск… Это повеление он не исполнил с надлежащею быстротою… Это обстоятельство и было сначала поводом к обвинению генерала: его арестовали и отдали при Нарве под военный суд. Однако по прошествии нескольких дней, когда выслушаны были оправдания Брюса, и когда они найдены основательными, его освободили с возвращением прежнего звания и допущением к исправлению высших должностей». Коснулся автор и сюжета об измене супруги Брюса: ее не могло быть, писал Гюйссен, ибо во время пребывания Меншикова под Нарвой жена Якова Вилимовича находилась в Москве. Опровергая навет в супружеской неверности, автор «Пространного обличения…» продолжал: «Эта самая дама, вполне достойная любви и уважения, довольно полна, известных лет, прекрасной репутации, совершенно христианской жизни и поведения, и более всего занята заботами о своем хозяйстве, нежели галантными похождениями». Реакция самого Якова Вилимовича на обе эти брошюры нам неизвестна. Вероятно, первая из них преподносила вымышленные факты. Если бы дело обстояло так, как излагал Нейгебауэр, то вряд ли после этого Брюс, обладавший обостренным самолюбием, стал бы поддерживать с Меншиковым не просто официальные, но и приятельские отношения, о которых будет сказано ниже.
Вернемся, однако, к военной и гражданской карьере Брюса. Как ни странно, катастрофа, постигшая русскую армию под Нарвой, благоприятно отозвалась на его дальнейшей судьбе. Назначенный вместо него командиром полка новгородский воевода князь И. Ю. Трубецкой оказался вместе с другими офицерами в шведском плену. В этих условиях Петру ничего не оставалось, как в 1701 году назначить проштрафившегося генерала новгородским воеводой. В обязанности Брюса входило укрепление города, заготовка припасов для артиллерии, изготовление станков для пушек, а также лестниц для готовившегося штурма Шлиссельбурга.
С поставленными задачами Брюс успешно справился, проявив при этом инициативу и изобретательность. Так, он не ограничился укреплением одного Новгорода, но принял меры для сооружения крепостей в прочих городах округи и просил у царя «изволения… пушечной двор на лето строить, и для того я к тебе, милостивому государю, чертеж послал». С целью сбережения дубового леса, которым столь дорожил царь, Яков Вилимович, зная о том, что пушкам не предстоял длительный путь, предложил изготавливать станки для них из соснового леса. Петр одобрил действия Брюса: «Приготовление, как ваша милость писал, зело изрядна».[591]
В 1704 году Яков Вилимович вместо попавшего в плен имеретинского царевича Александра Арчиловича был назначен исполнять должность генерал-фельдцейхмейстера, то есть главного начальника артиллерии. Эту должность он занимал вплоть до своей отставки в 1726 году. Выбор царя оказался удачным – в России едва ли можно было сыскать более знающего артиллерийское дело человека, чем Я. В. Брюс, основательно изучивший как теорию, так и литейное дело во время пребывания в Англии. Брюс столкнулся с плачевным состоянием русской артиллерии: в армии отсутствовали нормативные акты, определявшие права и обязанности Пушкарского приказа и пришедшего ему на смену Приказа артиллерии. О недооценке артиллерии свидетельствовало и отсутствие точно установленных источников ее финансирования, и меньший, чем у походных офицеров, размер получаемого жалованья.