Зимой 1941–1942 гг. с фронтов на ПТ ружья особых нареканий не поступало, но с наступлением тепла и появлением пыли пошли массовые претензии на тугую работу затвора, затрудненную экстракцию гильз и другие недостатки ружей. В начале мая 1942 г. на НИПСВО были проведены испытания ПТРД и ПТРС, выпущенных всеми заводами-изготовителями, подтвердившие обоснованность жалоб из войск. Большие претензии были и к качеству патронов. На заводе №17 в Барнауле из-за раздутия стенки гильзы при стрельбе из ПТРС забраковали весь месячный выпуск 14,5-мм патронов, примерно 400 тыс. штук. Всю партию направили на оружейные заводы для использования на испытательных стрельбах. На заводах пришлось форсировать конструкторскую и технологическую доработку обоих ПТР, которая велась и до этого. Например, на ПТРС отказались от наплечника на прикладе и поставили новую сошку (
Впрочем, окончательно избавиться от недостатков ПТРД и ПТРС так и не удалось. В руководстве службы присутствовало требование смазывать патронник не только перед стрельбой, но и через каждые 10–15 выстрелов. Вспоминается рассказ отца о том, как много патронов пришлось ему потратить, чтобы в ночном бою зимой 1944 г. подбить немецкий танк. Очевидно, что в боевых условиях регулярная смазка патронника была затруднительна.
С 1 июля 1942 г. из состава завода №74 был выделен завод №622, куда вошло и производство ПТ ружей, а с 1943 г. на нем выпускали только ПТРС. С октября этого года ПТРД стали выпускать на заводе №385 в Златоусте, прекратив с ноября его производство в Коврове. В Саратове выпускали ПТРС по июнь 1944 г., в Ижевске — по декабрь. В Златоусте прекратили делать ПТРД в марте, но затем выпустили мелкую партию в декабре. В 1945 г., согласно документам, ПТ ружья уже не выпускались.
В ходе войны были созданы и испытывались многие опытные ПТР: два варианта 12,7-мм однозарядного ПТР Рукавишникова, однозарядное 14,5-мм ПТР Никитина–Романова под мощный патрон (