Основная роль в Пражской операции отводилась бронетанковым и механизированным войскам. В их состав на 1-м Украинском фронте входили 3-я и 4-я гвардейские танковые армии, 4-й гвардейский и 25-й танковые корпуса, 7-й гвардейский механизированный корпус, 1-й танковый корпус Войска Польского, 4 отдельные танковые и самоходные артиллерийские бригады, 28 отдельных танковых и самоходных артиллерийских полков и 18 самоходных артиллерийских дивизионов. Во 2-м Украинском фронте имелись 6-я гвардейская танковая армия, 7-й механизированный корпус (в составе конномеханизированной группы), отдельная танковая бригада, 12 отдельных танковых и самоходных артиллерийских полков и самоходный артиллерийский дивизион. 4-й Украинский фронт имел 31-й танковый корпус, 3 отдельные танковые бригады и 10 отдельных танковых и самоходных артиллерийских полков.
Общее соотношение в танках было в пользу противника. Однако на направлениях главных ударов 1-го и 2-го Украинских фронтов это соотношение было в пользу советских войск.
Операцию предстояло провести в условиях горно-лесистой местности. Основной трудностью для войск 1-го Украинского фронта являлся захват перевалов через Судеты. До Дрездена местность холмистая, а с линии Хемниц, Дрезден на юг повышается и переходит в предгорья Рудных гор. Этот район изрезан глубокими оврагами, долинами мелких рек и ручьев, впадающих в Эльбу. Дороги проходят в основном по водоразделам. От перевалов, наивысшая точка которых более 850 м над уровнем моря, на юг горы круто обрываются. Дорог через перевалы мало, к тому же они узкие, извилистые, много крутых подъемов, спусков и резких поворотов. В полосе действий 2-го Украинского фронта местность была также горно-лесистая, позволявшая противнику быстро создавать препятствия на важнейших направлениях.
В ночь с 3 на 4 мая командующий 1-м Украинским фронтом направил войскам следующую директиву:
Согласно разработанному плану 3-я гвардейская танковая армия вводилась в прорыв на участке 3-й гвардейской армии в первый день операции с задачей на шестой день операции овладеть Прагой ударом с северо-востока и востока. 4-я гвардейская танковая армия, вводившаяся в прорыв в полосе 13-й армии западнее 3-й гвардейской танковой армии, на шестой день операции выходила к Праге с запада и юго-запада. Общевойсковая 3-я гвардейская армия, двигаясь вслед за 3-й гвардейской танковой армией, должна была выйти к Праге на седьмой день операции. Готовность к наступлению – к исходу 6 мая.
Успех действий войск во многом зависел от инженерного обеспечения. Учитывая особенности местности, инженерно-саперные части и подразделения танковых армий, а также саперные и понтонно-мостовые части, поступившие для усиления, были приданы корпусам первого эшелона и включались в основном в передовые отряды. Они должны были разминировать дороги, ликвидировать лесные завалы и другие препятствия, вести разведку дорог и рек, наводить переправы и мосты, оборудовать броды. Особое значение придавалось разработке мероприятий по преодолению Рудных гор.
Общая глубина задач танковых армий достигала 180–190 км. Продолжительность операции составляла шесть суток. По решению генерала Рыбалко оперативное построение войск 3-й гвардейской танковой армии было в два эшелона: в первом – 6-й и 7-й гвардейские танковые корпуса, во втором – 9-й механизированный корпус. Кроме того, в армии был создан армейский передовой отряд. Боевой порядок корпусов также строился в два эшелона с выделением передовых отрядов. Для обеспечения большей самостоятельности при наступлении и преодолении Рудных гор корпусам первого эшелона было придано более половины артиллерии, имевшейся в танковой армии. На авиацию возлагалась задача поддержать действия танковой армии на всю глубину операции, чтобы создать условия для стремительного продвижения к Праге.