Основным «оппонентом» балтийских летчиков на данном ТВД была бессменная 54-я истребительная эскадра «Зеленое сердце». Начав войну в полном составе, JG54 постепенно отдавала отдельные группы из своего состава на центральные и южные участки советско-германского фронта. Обратное движение наблюдалось лишь в период попыток ленинградско-волховской группировки Красной армии прорвать кольцо блокады. С учетом того, что в зону ответственности 1-го воздушного флота люфтваффе входил участок от Финского залива и Ладожского озера вплоть до Великих Лук, были периоды, когда «чистые» истребители из неба над собственно Балтикой исчезали почти совершенно. Впрочем, это вовсе не означало, что у нашей авиации оказывались полностью «развязаны руки», т. к. какое-то число машин, способных выполнять истребительные задачи, оставалось в составе других подразделений люфтваффе. Это, в первую очередь, появившиеся в 1943 году ночные истребительные отряды. Кроме того, в подразделениях ближней разведки «хеншели» и «рамы» все больше вытеснялись разведывательными модификациями истребителей Bf-109 и Bf-110.
Финская авиация, хотя и доставляла нам немало хлопот и неприятностей, тем не менее до середины 1943 года не представляла собой равноценного противника. Однако поставки немцами своим союзникам весной этого года новейших истребителей Bf-109G резко изменили ситуацию. Со второй половины 1943 года истребительная авиация Суоми постепенно становилась нашим главным «визави» в воздушных боях над Финским заливом.
Авиационные соединения люфтваффе, стянутые в Прибалтику весной 1944 года, практически не влияли на условия, в которых флотская авиация действовала по портам противника. Дело в том, что, во-первых, ВМБ и порты подвергались налетам, как правило, по ночам. Во-вторых, майские дневные удары наносились по портам на финском побережье залива, где германская авиация в описываемый период не действовала. Противодействие истребителей люфтваффе резко возросло, когда объектами налетов стали порты Курляндии, через которые осуществлялось снабжение отрезанных в Прибалтике 16-й и 18-й полевых армий вермахта. Здесь вновь были задействованы основные силы 54-й истребительной эскадры.
Итак, первый массированный удар по порту противника ВВС КБФ нанесли уже на третий день войны — 24 июня 1941 года. Свыше пятидесяти ДБ-3 из 1-го мтап и 57-го бап атаковали Мемель, сбросив на него в общей сложности пять ФАБ-500, 78 ФАБ-250 и 150 фугасных «соток». Хотя заключение командующего ВВС КБФ генерал-майора В.В. Ермаченкова по результатам налета — «Военно-морской базы Мемель у фашистов больше нет!», оказалось чересчур оптимистичным, тем не менее в городе были большие разрушения. Погибли 23 человека, при этом не совсем ясно, общие ли это потери гражданского населения и военнослужащих. Однако известно, что были потери в частях люфтваффе. Ответный огонь зенитной артиллерии был малоэффективен, поэтому наши потери ограничились только двумя бомбардировщиками, разбившимися уже при посадке. После объявления 25 июня войны Финляндии налетам советской авиации подверглись порты на юге Суоми — Турку, Котка, Порвоо, Ловиза, Хамина и Борго.
С выходом вермахта к границам Эстонии основные действия по вражеским базам и портам велись только самолетами Моонзундской авиационной группы. Флот всеми силами, в том числе и морской авиацией, пытался противодействовать немецким перевозкам вдоль побережья Рижского залива, а также минным постановкам противника.
6 июля в порту Виндавы были повреждены прорыватели минных заграждений № 6 и 11. Это стало результатом налета 12 ДБ-3 и 12 СБ из состава 73-го бомбардировочного полка. 20 июля в Либаве нашей авиацией тяжело повреждено вспомогательное судно Ro1 (погиб один человек). На следующий день там же прямыми попаданиями повреждены малый тральщик R64 и вспомогательное судно Ro22 (погибли два человека).
Летняя кампания 1942 года проходила для ВВС КБФ под знаком обеспечения прорыва советских подводных лодок через противолодочные рубежи противника в Финском заливе. Соответственно, основным районом боевых действий стал Гогландский противолодочный рубеж, где авиация флота смогла сравнительно небольшими силами серьезно затруднить деятельность германских корабельных дозоров. В ходе выполнения этой задачи четверка штурмовиков Ил-2 из 57-го шап 31 мая удачно атаковала базу 1-й флотилии катеров-тральщиков в Усть-Луге. В ходе штурмовки получил прямые попадания малый тральщик R-70, осколками были повреждены R-65, R-66 и быстроходная десантная баржа F-256. С учетом того, что накануне в море нашей авиацией был поврежден еще и R-71, флотилия понесла более чем серьезные потери, которые для немцев были уже явно чрезмерными. Не желая более искушать судьбу, командование кригсмарине перебазировало «раумботы» из Нарвского залива в финские шхеры. К сожалению, этот успех дальнейшего развития не получил, так и оставшись разовым.