Эти два офицера раскрыли имена многих чехов и немцев, которые работали в американской зоне как секретные агенты Праги. Тут же последовали аресты. В последующих за этим судах в Мюнхене подсудимые не отрицали факты, сообщенные свидетелями, двумя чешскими офицерами разведки. Первым судили Клецку. После некоторого запирательства он во всем признался и 17 февраля 1949 года был приговорен к двадцати годам тюремного заключения. На четырех других процессах в феврале и марте рассматривались дела других 19 подсудимых, преимущественно немцев по национальности. Большинство из них были чешскими шпионами и только некоторые — польскими.
Роберт Крузе, один из лучших чешских агентов, был приговорен к восемнадцати годам. Крузе наблюдал за приходом судов в Бремен и сообщал о прибытии танков армии США. Восемнадцатилетнее заключение было также определено Адольфу Франку, сорокалетнему чеху, который занимался шпионажем в полицейских формированиях. Гертруда Дерре, 26-летняя судетская немка, которая до поступления в 1948 г. в чешскую разведку работала на гестапо в Норвегии и с американскими агентами на границе советской зоны в Хофе, была осуждена на 12 лет. Мария Хаблич, тоже судетская немка, жена эксперта по вопросам беженцев в баварском правительстве, забирала важные документы из папок в офисе мужа и пересылала их в Чехословакию в официальных конвертах министерства внутренних дел Баварии. Она была приговорена к 7 годам. Эдит Дитрих из Мюнхена, которая сказала, что стала шпионкой из-за любви к чешскому офицеру разведки, получила 19-летний срок заключения.
Пражское правительство реагировало на аресты и суды над его шпионами в Германии точно так же, как это делало советское правительство еще с начала 20-х годов. Два американских солдата, которые служили в Германии, Кларендон Хилл и Джордж Джонс, были арестованы чешской полицией, когда они заблудились и оказались на чешской территории — их обвинили в шпионаже. 15 марта 1949 года, когда были опубликованы приговоры чешских агентов в Мюнхене, пражское правительство информировало Соединенные Штаты, что Хилл и Джонс предстанут перед чешским судом. Представителю США не позволили увидеться с обвиняемыми, которые были жестоко избиты.
23 марта генерал Люциус Д. Клей сократил срок заключения Франтишеку Клецке с двадцати до пяти лет. Но эта акция опоздала для того, чтобы предотвратить суд над американскими солдатами в Праге, назначенный на 29 марта. На закрытом судебном процессе Хилл был приговорен к десяти, а Джонс — к двенадцати годам заключения. Однако 23 мая оба солдата были помилованы чешским правительством и им было позволено покинуть Чехословакию.
Деятельность чешской разведки в Германии не уменьшилась после этих арестов и судов, волнения возникли главным образом только среди мелких агентов.
Наиболее выдающимся, преданным и эффективным чешским агентом, работавшим в американской зоне, был человек, высоко оцениваемый коллегами, которые считали, что по своему уму он стоит пятерых обычных людей. Это был поляк по рождению Эмиль Швертня. Коммунист, отсидевший шесть лет в нацистской тюрьме и освобожденный в конце войны, Швертня был сначала послан в Лондон, из Англии был переведён в Швейцарию, но вскоре его выслали из страны как иностранного коммунистического агента. Швертня попал в Штутгарт и провел 3 года в упорной борьбе с контрразведкой США.
Его задачей было узнать имена чехословацких лидеров, которые работали на американскую разведку, а также имена и адреса офицеров контрразведки Соединенных Штатов. Он должен был докладывать о работе контрразведки по проверке определённых лиц, узнавать имена тех, кого вербовала американская разведка, сотрудников радио «Свободная Европа», а также вожаков политических и других групп в лагерях перемещенных лиц и сообщать о передвижениях американских военнослужащих. Одновременно Швертня с успехом проводил операции по похищению политических противников и нелегальной переправке их через границу. Его положение позволяло ему узнать имена лидеров подпольных антикоммунистических групп внутри Чехословакии.
Швертня был полностью предан своей работе, ничего кроме неё для него не имело значения. «Это просто здорово, я здесь чувствую себя в своей стихии, — писал он Гонзе, своему другу и начальнику в Праге. — Все это мне крайне интересно». Его жена, уставшая от кочевой жизни, готова была развестись с ним, но ему не было до этого дела. У него были «другие интересы», а вовсе не женщины. Он жил в бедности в неотапливаемой комнате, за которую платил всего 40 марок в месяц, стараясь создать впечатление, что принадлежит к массе беженцев-демократов.