Еще в начале марта 1990 г. на выборах в Верховный Совет Литовской ССР победила не Коммунистическая партия Литвы, а националистическое движение «Саюдис», возглавляемое профессором Вильнюсской государственной консерватории Витаутасом Ландсбергисом. Именно Ландсбергис был избран Председателем Верховного Совета Литовской ССР. 11 марта 1990 г., по предложению своего председателя, литовский парламент принял большинством голосов декларацию «О восстановлении независимости Литовского государства». Литовская ССР, согласно данной декларации, была переименована в Литовскую республику, а действие советских конституций на территории Литвы приостанавливалось. Как Президент СССР, так и Верховный Совет СССР отменили эти решения литовского парламента, однако новое литовское руководство заявило, что решения Москвы для нее теперь не имеют юридической силы. Началось длительное и мучительное противостояние. Особенно трудная ситуация сложилась вокруг расположенных на территории Литвы воинских частей, а также в органах МВД и КГБ, которые были построены по принципам централизации и подчинялись союзным структурам в Москве. Союзное руководство прибегало не только к политическому давлению, но и к экономическим санкциям, но это только разжигало эмоции. Литовские депутаты были отозваны из Верховного Совета. Литва объявила о восстановлении на ее территории Конституции 1938 г. и о создании собственных вооруженных сил. Все советские законы о всеобщей воинской обязанности объявлялись недействительными на литовской территории. Коммунистическая партия Литвы в этих условиях раскололась. Большая часть Компартии Литвы во главе с Альгирдас-Миколасом Бразаускасом и Казимирой Прунскене сохранила лояльность новому руководству страны. Прунскене стала премьер-министром Литвы, а Бразаускас – вице-премьером. Меньшая часть КПЛ фактически перешла на подпольное положение.
Инциденты между лояльными Союзу гражданами и организациями и новыми республиканскими властями множились, обостряя ситуацию. Многие работники литовских органов КГБ и МВД, и активистов литовской компартии, и военных приезжали в Москву с разного рода требованиями и жалобами. Их принимали в КГБ СССР, в Министерстве обороны СССР, в МВД, в аппарате ЦК КПСС, даже в канцелярии Президента СССР у В. Болдина. Им сочувствовали, их поддерживали, им что-то обещали, но никаких решений при этом не принималось. Конечно же, о ситуации в Литве докладывали и Горбачеву. Он выслушивал членов Политбюро, министров, командующих родами войск, но также не принимал никаких решений. Он просто не знал, что делать. Он уже объездил год назад почти всю Литву, пытаясь уговорить литовцев повременить со своими решениями и действиями до конца «перестройки». Он также обещал не применять силу, хотя и небезоговорочно. Нерешительность Горбачева поощряла и лидеров Литвы, и руководителей Латвии и Эстонии идти все дальше и дальше. Шла своеобразная политическая разведка: до какой линии можно дойти, не опасаясь ответных и более решительных действий Москвы? 4 октября 1990 г. в Литве был принят закон о государственной измене. По этому закону гражданин Литовской республики, который сознательно принимает участие в деятельности «другого государства» или «иностранной организации», направленной на нарушение суверенитета Литвы, должен наказываться лишением свободы на срок до 15 лет или смертной казнью с конфискацией имущества. «Другим государством», естественно, был в первую очередь Советский Союз. Но как раз в это осеннее время по всей Прибалтике начался очередной призыв молодежи на военную службу. Многих молодых людей, уклонившихся от военной службы, приводили в военкоматы по всей Прибалтике принудительно. 20 ноября 1990 г. парламент Литвы принял закон о создании департамента по охране края, на который возлагались функции министерства обороны республики. Начали формироваться и первые подразделения литовской армии. Положение становилось взрывоопасным. Между тем в Литве ухудшалось экономическое положение, магазины были пусты, но обращаться за помощью к Москве оказалось теперь невозможно. Правительство К. Прунскене было вынуждено идти на повышение цен. В Москве реформа цен также готовилась, но ее можно было отложить на несколько месяцев. Но Литва откладывать такое решение уже не могла. Решение о крупном повышении цен на продовольственные товары было принято в Вильнюсе вечером 6 января 1991 г., а уже утром 7 января в Вильнюсе начались митинги протеста. Объявили забастовку и некоторые крупные предприятия города. Это стихийное массовое недовольство и решила использовать наиболее радикальная часть литовской компартии. Версии последующих событий весьма противоречивы, но основные факты мало кто оспаривает.