4 сентября 1991 г. на заседаниях съезда не было должного порядка, заседания часто прерывались, а весь президиум съезда удалялся на длительные совещания. Ораторов мало кто слушал, и в зале порой оставалось не более половины депутатов. Несколько раз Б. Ельцин отдельно собирал группы депутатов от российских регионов. С другой стороны, очень многие из депутатов, которым не давали слова 2 и 3 сентября, смогли теперь выступить с трибуны хотя бы с двухминутной речью. Эти выступления, однако, не транслировались по телевидению и не были опубликованы в газетах. Основной проект закона СССР об органах государственной власти и управлении Союза ССР в переходный период, который был предложен съезду Н. Назарбаевым 2 сентября от имени всех руководителей республик и Президента СССР, не был принят. При кворуме для принятия решения этого конституционного закона в 1483 голоса за него проголосовало только 1200 народных депутатов. Это вызвало растерянность в президиуме съезда, начались заседания по группам и поиски какого-то компромисса. В конце концов был объявлен перерыв до 10 часов утра следующего дня. Газеты писали о том, что на съезде возникла «нештатная ситуация».
Утреннее заседание съезда 5 сентября 1991 г. проходило под председательством М. Горбачева. В зале Кремлевского дворца собралось 1792 народных депутата. Было решено принимать закон «Об органах государственной власти в переходный период» по пунктам. Некоторые статьи этого закона принимали даже по абзацам и отдельным фразам. Не обошлось без давления и даже угроз, а также разного рода увещеваний. В конце концов закон был принят. После этого без больших проблем была принята Декларация прав и свобод человека, а также Закон об изменении статуса народного депутата СССР. Народным депутатам СССР, которые провели в Кремле свой последний съезд, даровались некоторые новые привилегии.
Выступая на последнем заседании съезда, Михаил Горбачев сказал, что за его работой «с серьезной озабоченностью» и вниманием следили не только все советские люди, но и «все мировое сообщество». Но это было не так. По сообщению Секретариата съезда, в Кремль в адрес съезда поступило 2,5 тысячи писем и телеграмм. Это было в десятки раз меньше, чем мы получали писем и телеграмм во время первого и второго съездов. Всего лишь 59 телеграмм, полученных съездом, выражали согласие с политическим курсом и действиями М.С. Горбачева. Самым последним из народных депутатов выступил Анатолий Собчак, который призвал нас «достойно завершить работу съезда» и принять решение о захоронении В.И. Ленина «в соответствии с религиозными и национальными обычаями нашего народа на Волковом кладбище в Ленинграде». Но Михаил Горбачев отказался выносить этот вопрос на обсуждение и объявил внеочередной, пятый и последний съезд народных депутатов СССР закрытым. В отличие от четырех предыдущих съездов Гимн Советского Союза при закрытии съезда не исполнялся. Мы уходили из Кремлевского дворца съездов с чувствами и мыслями, близкими тем, с которыми люди уходят с похорон.