Поражение партизан предопределила и успешная тактика генерала Папагоса, главнокомандующего правительственными войсками. Оставив минимум войск для блокирования противника в горных районах, он сконцентрировал основные свои силы в районе Пелопоннеса, считая своей первостепенной задачей разгром законспирированного коммунистического подполья и уничтожение его разведывательной сети. Все населенные пункты, которые, по агентурным данным, симпатизировали партизанам, были окружены плотным кольцом правительственных войск. Повстанцы фактически лишились и без того скудных и ослабленных линий снабжения.
Весной 1949 г. Пелопоннес был очищен от партизан. В середине лета подконтрольной правительственным войскам стала и Центральная Греция. Затем пришла очередь наиболее крупных партизанских баз Граммос и Витси.
В ходе обороны Витси командование повстанцев, численность которых составляла около 7,5 тысяч человек, допустило роковую ошибку: вместо заблаговременного отхода перед лицом превосходящего противника партизаны все же решили оборонять базы, используя при этом самую невыгодную в сложившихся условиях тактику позиционной войны. К середине августа они были вытеснены из базы и подверглись уничтожению. Спастись сумели лишь немногие, уйдя на территорию Албании и позже влившись в ряды защитников последнего оплота повстанцев – базы Граммос. Папагос атаковал базу Граммос 24 августа, и к концу месяца с партизанским движением было покончено.
Конечное поражение партизан было обусловлено не только количественно неблагоприятным для них соотношением сил, но и рядом совершенных ими стратегических ошибок.
Прежде всего они неумело и недальновидно повели себя по отношению к гражданскому населению, часто допуская акты неоправданного насилия и жестокости, и не смогли обеспечить своему движению стабильную и широкую социальную базу. Не смогли они и воодушевить население страны своими лозунгами и идеями. Напротив, правительственные войска под командованием генерала А. Папагоса, пользуясь ошибками партизан, успешно привлекали население на свою сторону.
Не менее важной причиной поражения греческих коммунистов стала массированная военная и иная помощь США правительству Греции. Помощь же греческим партизанам со стороны Югославии, Болгарии и Албании уменьшалась с каждым днем борьбы. Самые катастрофические последствия в этом смысле имел конфликт Югославии с Москвой: сразу же ослабла моральная и материальная помощь повстанцам со стороны Югославии.
Одновременно обострилась ситуация внутри самой КПГ, вызванная неприкрытым конфликтом между генеральным секретарем Н. Захариадисом и главой Временного демократического правительства, главнокомандующим Демократической армией Греции М. Вафиадисом. Последний, используя коминтерновскую практику обращений к Москве как «третейскому судье» во внутрипартийных конфликтах, передал в ЦК ВКП(б) обширное послание, в котором Захариадис был назван «предателем». Москва, все более отстраняясь от греческих событий, на это послание не отреагировала. Но Захариадис узнал о письме и решил избавиться от оппонента «по-сталински»: он организовал засаду на греко-албанской границе, которую Вафиадис должен был пересечь, отправляясь в Тирану «на лечение», а по сути – в ссылку.
Помимо конфликта в верхах фактически расколотой оказалась коммунистическая организация северных районов страны, прежде всего Македонии, где среди большой части коммунистов были сильны про югославские, по сути – антигреческие настроения. Компартия Греции предприняла последнюю попытку преодолеть раскол. Пленум компартии, прошедший в начале 1949 г., принял решение о вхождении Македонии как равноправного государства в планируемую Балканскую федерацию. Правительственные СМИ Греции без сокращений процитировали сообщение радиостанции КПГ, прекрасно понимая, что теперь для большинства греков победа компартии будет ассоциироваться с расчленением страны.
Не воспринял решение греческих коммунистов и официальный Белград, который на фоне усиливавшегося конфликта с Москвой уже и не помышлял ни о каких федерациях. Взаимоотношения между КПГ и КПЮ резко ухудшились, и в июне 1949 г. наступила развязка: Тито, все более ориентировавшийся на Запад, окончательно заблокировал греко-югославскую границу. В главном штабе Демократической армии Греции стало известно, что между генеральным штабом вооруженных сил Югославии и греческим главным штабом было заключено специальное соглашение о выдаче греческим правительственным войскам партизан, перешедших границу Югославии. Хотя много позднее эти сведения оказались не соответствовавшими действительности, тогда это означало, что греческие партизаны лишились своих самых надежных тыловых баз.