Одновременно с этим продолжала развиваться сеть приемных пунктов для военнопленных. Если в 1941 году их было 19, то в 1942 году количество приемных пунктов увеличивается до 33. На 1 января 1943 года их было уже 44, а к 1944 году, в соответствии с обстановкой на фронтах, количество приемных пунктов, расположенных в тыловых районах действующей армии, возрастает до 68 единиц. Причем УПВИ НКВД СССР на достигнутом не останавливается — дальнейшее продвижение на запад частей Красной Армии вело к расширению сети мест сбора и временного содержания военнопленных. Увеличение их количества позволило УПВИ удовлетворить потребности фронтов и более или менее успешно решать задачи, связанные с приемом пленных от передовых подразделений армии, распределением их по различным лагерям в соответствии с их воинскими званиями и национальностью.
Схема приема и передачи военнопленных в приемные пункты и лагеря для военнопленных была такова: сначала пленных передавали на
Несмотря на то что УПВИ НКВД СССР не претерпело серьезных структурных изменений вплоть до конца 1944 года, кадровых перестановок избежать не удалось. В июле 1941 года происходят первые кадровые изменения в руководстве Управления. В результате слияния народных комиссариатов внутренних дел и государственной безопасности в один наркомат обязанности по наблюдению за деятельностью УПВИ были возложены на И. А. Серова. 12 февраля 1943 года начальником УПВИ НКВД СССР был назначен генерал-майор И. А. Петров, ранее возглавлявший войска НКВД Западного фронта. Полковник государственной безопасности П. К. Сопруненко с 12.02.1943 становится заместителем начальника УПВИ НКВД СССР. В том же 1943 году вновь происходит замена куратора УПВИ — на место Серова назначается заместитель народного комиссара внутренних дел СССР С. Н. Круглов.
Произведенные перестановки должны были улучшить координацию действий Красной Армии, УПВИ и НКВД по доставке пленных из приемных пунктов в тыловые лагеря и улучшить положение с военнопленными в самих лагерях НКВД, которое в это время было катастрофическим из-за высокого процента заболеваемости и смертности контингента.
Следующим этапом изменений в структуре УПВИ было переименование 11 января 1945 года данной организации в Главное Управление по делам военнопленных и интернированных (ГУПВИ). В связи с этим произошли очередные кадровые перестановки. Начальником ГУПВИ был назначен генерал-лейтенант И. А. Петров. 2 февраля 1945 его сменил генерал-лейтенант М. С. Кривенко, бывший до этого заместителем начальника Главного управления пограничных войск НКВД СССР Первым заместителем и начальником оперативно-чекистского отдела был назначен комиссар госбезопасности 3-го ранга Б. З. Кобулов. Заместителями стали: комиссар госбезопасности Н. Т. Ратушный, комиссар госбезопасности С. И. Шемен, полковник И. П. Воронов (начальник фронтового отдела ГУПВИ). Было создано еще восемь отделов: общий, охраны и режима, трудового использования, санитарный, квартирно-эксплуатационный, материально-технического обеспечения и отдел по вопросам интернированных. Создание последнего отдела было продиктовано необходимостью — в сентябре 1944 года Финляндия выходит из войны, а в октябре 1944 года советские войска выходят на границу Восточной Пруссии. В октябре 1944 года принимается решение о создании дополнительных, фронтовых сборно-пересыльных пунктов уже не только для приема бывших военнопленных, но и репатриируемого гражданского населения. В их задачу входила, помимо медико-санитарной, политико-воспитательной и просветительской работы с поступающим контингентом, фильтрация, то есть отделение бывших военнопленных РККА от гражданского населения с последующей передачей первых в распоряжение действующей армии.
20 февраля 1945 года в ГУПВИ происходят очередные структурные изменения. В соответствии с приказом НКВД СССР № 00 100 в составе ГУПВИ были организованы три новых управления:
— Управление по делам военнопленных. Начальником назначен комиссар госбезопасности Ратушный;
— Управление по делам интернированных и мобилизованных — начальник — комиссар госбезопасности Шемен;
— Оперативное управление. Его начальником был назначен по совместительству комиссар госбезопасности 3-го ранга Кобулов. Вновь созданное Управление ранее было Оперативным отделом ГУПВИ.