Поскольку эти новые полки тоже оказались слишком хрупкими для эффективного обеспечения безопасности тыла или выполнения боевых задач, НКВД усилил некоторые из них артиллерийскими и минометными подразделениями, а также вооружил противотанковыми ружьями и автоматами. Другие полки были преобразованы в бригады или дивизии. Например, 6-й стрелковый полк НКВД воевал и как отдельный, и в составе 21-й дивизии НКВД.36 Когда эти полки не участвовали в активных боевых действиях, они охраняли тылы действующих фронтов, боролись с агентами и группами, засылаемыми немецким абвером (контрразведкой), и формировали заградительные отряды для пресечения бегства солдат Красной Армии.
В начале 1943 года Главное Управление войск НКВД реорганизовало подчиненные ему войска, разделив их на четыре основных управления в соответствии с поставленными перед ними задачами. В их число входили:
• Управление пограничных войск;
• Управление внутренних войск, включающее в себя внутренние (бывшие оперативные) войска, конвойные войска и железнодорожные и строительные войска;
• Управление истребительных батальонов;
• Управление пожарных бригад.
Кроме того, НКВД создал отдельное Управление особых отделов (или ОО), которое контролировало все особые отделы в действующих фронтах и армиях, организовывало контрразведывательные операции и действия агентов в тылу вермахта.
В то же самое время НКВД реорганизовал пограничные войска, разбив их на комендатуры, полки и отряды и возложив на них ответственность за обеспечение безопасности в пограничных областях Советского Союза. Теперь пограничный полк имел в своем составе 800-1000 человек, состоял из трех батальонов по шесть-семь рот, разведроты, медицинского, транспортного взводов и взвода химзащиты. Такие полки служили основным «строительным материалом» новых пограничных войск НКВД. По оценкам немецкой разведки, пограничные войска НКВД к 1 января 1943 года имели в своем составе от 100 ООО до 160 ООО бойцов.
В конце 1943 года и в 1944 году НКВД сформировал дополнительные полки и отряды пограничных войск для охраны новых границ Советского Союза и обеспечения внутренней безопасности на территориях, освобожденных от немецкой оккупации, особенно в Прибалтийских республиках, Белоруссии и на Украине. Например, в августе 1944 года 1-й Белорусский фронт использовал 157-й, 127-й и 18 пограничные полки в восточной Польше против войск Комитета Польского Национального Освобождения, а 1-й Украинский фронт применял схожим образом 2-й, 16-й и 83-й пограничные полки для борьбы с силами украинских националистов в Западной Украине.37 С другой стороны, когда в последний год войны протяженность боевого фронта сильно сократилась, НКВД часто проводил сокращения своей войсковой структуры, сливая полки.38
К середине 1943 года Управление внутренних дел НКВД управляло наиболее важными войсками НКВД, включая внутренние, конвойные, железнодорожные и охранные войска. Управление свело эти войска в дивизии, бригады и полки - последние либо входили в состав дивизий, либо действовали отдельно. Эти дивизии, бригады и полки являлись полностью боеспособными войсками, развернутыми для поддержки фронтов Красной Армии либо действовавшими отдельно под началом Главного Управления войск НКВД. Структура стрелковых (и мотострелковых) дивизий НКВД была гибкой: каждая имела по восемь полков, в ряде случаев моторизованных и кавалерийских, а также различные отдельные батальоны. Кроме того, некоторые дивизии имели артиллерийский дивизион или даже полк, во всех дивизиях имелись отдельные части, в том числе противотанковый и саперный батальоны той же организации, что и в стрелковых Дивизиях Красной Армии, а также отдельные разведывательные и снайперские роты. Численность этих дивизий варьировалась в диапазоне от 8000 до 14 000 человек.
В военное время бригады НКВД первоначально формировались в составе нескольких полков, а позже - различного числа отдельных батальонов и вспомогательных подразделений, насчитывая примерно по 5000 бойцов каждая. Стрелковый полк НКВД состоял из штаба со взводами разведки, химической разведки и саперов, разведроты, трех стрелковых батальонов, противотанковой батареи (четыре 45-мм орудия), минометной роты (четыре 82-мм и восемь 50-мм минометов) и роты противотанковых ружей (27 штук). На самом нижнем командном уровне каждый из стрелковых батальонов состоял по меньшей мере из трех, а иной раз даже девяти стрелковых рот и пулеметного взвода общей численностью как минимум в 397 человек.
Вдобавок к дивизиям, бригадам и полкам внутренних войск, а также железнодорожных, конвойных и охранных войск НКВД сформировал несколько отдельных соединений, выполнявших на протяжении всей войны важные и высокоспециализированные, но куда менее заметные задачи. Наиболее важным из этих соединений была так называемая Отдельная мотострелковая бригада особого назначения* - или сокращенно ОМСБОН (ОМСБОН НКВД СССР).