Следующей целью был Персеполь, одна из бывших царских резиденций и столица персидского рода, во главе которого некогда Кир сверг мидийского правителя Астиага и сам захватил господство над иранскими странами. Путь из Суз в Персеполь пролегал по земле воинственных бергуксиев, которые были готовы разрешить Александру проход лишь в том случае, если он отблагодарит их «подарками», которые, очевидно, прежние персидские цари в таких случаях «дарили» этому племени, лишь номинально им подвластному. Александр отреагировал молниеносно и с большой жестокостью, и, по-видимому, лишь ходатайство все еще находившейся в македонском лагере матери Дария позволило удержать разгневанного царя от изгнания строптивых жителей гор с их насиженных мест. Быстро продвинувшись с частью войска вперед, Александр вскоре достиг «Персидских ворот», за которыми окопался сатрап Ариобарзан с сильным войском и твердым намерением ни при каких обстоятельствах не впускать македонянина в свою сатрапию. Совершив смелый обход, которым он, как водится, руководил лично, Александр преодолел и это препятствие. Мощными стремительными переходами он приближался к Персеполю. Здесь также находилась огромная казна, полная золота и серебра, в целости и сохранности доставшаяся в руки Александру, когда он вошел в город, опять-таки без боя.
Длившееся примерно с января по май 330 года до н. э. пребывание Александра в Персеполе стало знаменитым благодаря одному событию, которое постоянно занимало умы людей, в том числе и современных историков, а именно: устроенный самим Александром пожар в царском замке, сооруженном еще Дарием I. Согласно данным Арриана, заслуживающим наибольшего доверия, Александр решился на этот поступок, желая таким образом свершить акт возмездия персам, что было торжественно провозглашено главной целью его похода. Впрочем, Парменион возражал: нехорошо царю Азии уничтожать свою собственную резиденцию и, кроме того, создавать у новых подданных впечатление, что он пришел не как новый царь, а как чужой завоеватель. Но возможно ли было удержать Александра подобными трезвыми и рациональными доводами от решения, которое уходило корнями в совершенно иную, чисто эмоциональную сферу?
Конечно, можно понять более поздних историографов Вульгаты, которые хотели обелить своего героя от упрека в том, что он так неразумно пошел против самого себя как «царя Азии». Возникла версия, что Александр совершил все по наущению одной гетеры и в состоянии опьянения, то есть не владея собой. В странном противоречии с этим актом находится поручение, данное Александром примерно в то же время одному из товарищей: украсить простую гробницу, которую велел воздвигнуть себе царь Кир, основатель Персидского царства, в ближнем Пасаргадае.
В мае 330 года до н. э. Александр двинулся из Персеполя на Экбатану, куда бежал Дарий после катастрофы под Гавгамелами. Дважды полностью разбитый, он все еще отказывался считать свое дело проигранным. Если бы наместникам в густонаселенных «верхних» сатрапиях Бактрии и Согдиане (нынешний Туркестан) вместе с их товарищами в других, еще не затронутых Александром восточных частях царства удалось собрать новые войска, то, по мнению Дария, война могла бы быть продолжена, и не без надежды на успех. Пока же Ахемениду ничего не оставалось, кроме как без боя оставить мидийскую столицу перед лицом надвигающегося противника и отойти в направлении «Каспийских ворот» (ряд проливов южнее Каспийского моря).
Немногим позже Александр появился в Экбатане, где подвел окончательную черту под эллинской войной возмездия, богато одарив солдат греческого контингента и отпустив на родину тех, кто не пожелал добровольно остаться наемником в его войске. Теперь, став настоящим царем Азии, он приложил все усилия, чтобы пленить последнего властителя из рода Ахеменидов. Оставив Пармениона с сильным гарнизоном в Экбатане, сам он в величайшей спешке направился к тем самым Каспийским воротам, которые Дарий на пути своего бегства только что миновал.