Точное время строительства установить невозможно, однако, судя по наличию сводов и арки, оно достаточно позднее, не ранее VI века, а если учесть особенность сводов (яйцевидные), ещё позднее. Ближайшие аналогии подобным сооружениям следует искать на Ближнем Востоке, в Малой Азии и Северной Месопотамии.
Скорее всего Подземный храм первоначально не задумывался как склеп или крипта. Ниша, в которой, возможно, осуществлялись захоронения, судя по сохранившимся отчётам и планам, относится к более позднему строительному периоду, она сооружена в несколько иной технике и с явным нарушением первоначального плана. Таким образом, строители храма не предполагали, что он будет служить местом погребения.
Вместе с тем строительство Подземного храма должно было носить какой-то особый, возможно, символический характер, что следует из места и способов строительства, а также возведения над ним часовни.
Одна из возможных причин строительства христианского мемориала на Главной улице (причём не на самой улице и не на ближайшей площади, а во дворе) — наличие на его месте языческой святыни, которую в знак победы новой религии переделали в христианскую подземную часовню.
Примеры:
1. Рим. Замок Святого Ангела (бывший языческий мавзолей), монастырь Санта-Мария сопра Минерва (бывший храм Минервы), Пантеон (бывший храм Всех богов).
2. Киев. Строительство языческого капища на месте церкви Святого Василия (при Владимире), последующее уничтожение капища и восстановление христианского храма.
Однако в этом случае языческое святилище тоже должно было быть подземным. Аналогии?..
Стоит нам перейти херсонесский порог, Надеваем все маски — какую кто смог. Донжуаны, шуты, одалиски, мегеры… Каждый год — карнавал. Видно, шутит так бог.
Первые вёдра мокроватого суглинка уже отправились аккурат через стенку, когда мы обнаруживаем, что уже не одиноки средь наших каменюк. У нас появились соседи, точнее, соседка. И не где-нибудь, а на участке Балалаенко, именно там, где покоятся остатки Казармы. Утро доброе, мадемуазель! Откуда вы, прекрасное дитя?
Мадемуазель зовут Юлей. Это прекрасное дитя не откуда-нибудь, а с симферопольского истфака, где обитает господин Балалаенко. Девочка Юлечка, мирно красившая своё общежитие, не далее как вчера получила срочный приказ прибыть сюда для прохождения практики. Конкретнее — для очищения данного участка от травы, для чего ей была выдана пара перчаток.
…Слава, перестаньте глазеть на ребёнка и лезьте в яму! Во-во, именно туда. Ради прихода Юлечки разрешаю вам покирковать. Только внимательнее! Вот именно, всё зеленое и чёрное — на-гора… Прошу, Володя, вас ждёт лопата. Совершенно верно, Борис, тебе на вёдра, стой и любуйся нашей соседкой. Травку щиплет она мило, экая козочка!.. Борис, да следи ты за вёдрами, а то ещё уронишь не дай господь!
Дневник археологических раскопок Портового района Херсонеса. 1990 г.
Лист 18.
…Продолжали снимать первый штык 6-го слоя в пом. 60-а. Характер засыпи прежний, находок мало, все они относятся к эллинистическому времени (III в. до н. э.).