В разные годы редакторами "Совершенно секретно" были: Юлиан Семёнов (1989-1993), Артём Боровик (1993-2001), Галина Сидорова (2001-2010), Сергей Соколов, Людмила Телень и Вадим Саранов. С октября 2015 года эту должность опять занял Сергей Соколов. Сотрудниками газеты являлись: Евгений Додолев, Дмитрий Лиханов, Лариса Кислинская, Олег Лурье, Александр Плешков, Елена Светлова,Алексей Челноков и многие другие. Общее число сотрудников в газете в разные годы было от 9-ти до 73 человек. К основным рубрикам "Совершенно секретно" относились: Новости, Политика, В мире, Общество, Экономика, Безопасность, История и т.д. Историческая тема стала одной из ведущих". Ее рубриками были: "Секреты истории", "Секреты архивов", "Секреты спецслужб", "Загадка ХХ века" и "Военная тайна 1941-1945". Жанровая палитра исторических публикаций тоже была самой разнообразной: статьи (чаще всего), интервью, корреспонденции, биографические и путевые очерки...
В 1992 году, на основе ежемесячной газеты "Совершенно секретно" был создан холдинг с таким же названием. С момента основания и до 2000 года, президентом и владельцем холдинга был Артём Боровик. В ту пору А. Боровику, сыну Генриха Боровика, - давнего товарища Юлиана Семёнова, привёзшего ему из Америки автограф Хэмингуэ, не было и тридцати, но его имя уже гремело, благодаря отменным репортажам из Афганистана, Никарагуа и США, а также благодаря знаменитой телепрограмме "Взгляд", одним из ведущих которой он был.
По сути дела, Юлиан Семенов успел лишь заложить основы "Совершенно секретно". Выпустив несколько номеров, он тяжело заболел. По мнению Леонида Велехова, Артем Боровик не просто продолжил и развил семеновские принципы, но и из историко-расследовательской газеты он превратил "Совершенно секретно" в современное издание, ввязавшееся в самую гущу политической борьбы ельцинской эпохи. Из репортажей и расследований издания миллионы читателей впервые узнавали о том, кто такие Борис Березовский и Михаил Ходорковский, что такое "ельцинская семья" и какие отношения, помимо родственных, связывают членов этого могущественного клана, о том, как Павел Павлович Бородин золотил кремлевские хоромы, и о том, с кем и за чей счет парился в элитной баньке министр юстиции Ковалев, и т.д. и т.п. Во второй половине 90-х годов не было, пожалуй, в России газеты острее и популярнее, чем "Совершенно секретно"...".
Однако дефолт 1998 года обрушил рекламный рынок и поставил крест на попытках многих изданий существовать и развиваться так, как существуют и развиваются свободные СМИ в цивилизованном мире. Для "Совершенно секретно" тоже наступили трудные времена "на выживание". Ситуация ещё более осложнилась после трагической гибели Артема Боровика 9 марта 2000 года.
Трехмоторный Як-40, едва оторвавшись от взлетной полосы в московском аэропорту Шереметьево-1, рухнул с 50-метровой высоты на бетон и загорелся. Погибли все находившиеся на борту: пятеро членов экипажа и четверо пассажиров, среди них, Артем Боровик и Зия Бажаев - нефтяной магнат, президент ОАО "Группа Альянс" и владелец Издательского дома "Нефть и капитал". Руководителем холдинга стала Вероника Боровик-Хильчевская - вдова Артёма Боровика. Благодаря её усилиям, "Совершенно секретно" удалось выжить.
17 сентября 2013 года на сайтепоявилась статья "Боровик-Хильчевская: запуск "Совершенно Секретно" это был шок для всех", в которой президент холдинга "Совершенно секретно" ("СС") поведала о том, как создавалась первая в СССР газета расследовательской журналистики.
Вероника Боровик-Хильчевская рассказала, что именно Юлиан Семёнов предложил её мужу стать заместителем в "СС", однако Артем Боровик в то время работал в "Огоньке" и писал книгу об Афганистане, которую считал для себя очень важной. Поэтому от предложения он, вначале, отказался, но согласился в 1990 году, после того, как книга была написана.