Не прекращая засадных действий, отряд искал новые формы борьбы с моджахедами, в 1986 году провел ряд эффективных налетов на крупные базовые районы мятежников, такие как «Горы Хадигар», «Васатичигнай», «Чинарту» и т. д. Данные районы были полностью очищены от мятежников, инфраструктура их была уничтожена, и в результате они перестали существовать как очаги противодействия существовавшему режиму. В результате этих операций было захвачено большое количество стрелкового и тяжелого оружия, а также огромное количество боеприпасов к ним. В ходе захвата укрепленного базового района «Васатичигнай» сержант Арсенов закрыл грудью командира 3-й роты старшего лейтенанта А. Кравченко. За свой подвиг он удостоен высокого звания Героя Советского Союза посмертно.
В апреле 1986 года отряд применил по сути новый способ борьбы с караванами мятежников. РГСпН №322 под командованием лейтенанта Бескровного организовала наблюдательный пункт на господствующей в районе высоте с отметкой 2014. Обнаружив в ночное время движение автоколонны моджахедов, разведчики навели на нее вертолеты огневой поддержки, а после их удара в район стремительно вышли бронегруппы отряда, блокировав противника. Так, по сути, без риска для жизни солдат и офицеров было захвачено 6 автомобилей «Симург» с большим количеством оружия и боеприпасов. Этот способ неоднократно успешно применялся и в последующем.
Вплоть до выхода из РА отряд не снижал боевой активности в зоне своей ответственности. В ходе вывода советских частей из зоны ответственности «ЮГ» через г. Кушка в 1988 году отряд обеспечивал их безопасность, находясь в арьергарде, и вышел последним в августе 1988 года. С выводом в Союз организационно-штатная структура отряда была приведена в соответствие со штатом обычного отдельного отряда специального назначения, который входит в состав каждой бригады. Техника и часть вооружения, не соответствующие новому штату были сданы на склады. В отряде помимо штаба и управления остались три роты специального назначения, рота связи, группа минирования, автовзвод, взвод мат. обеспечения и ремонтное отделение. Из г. Кушка отряд в составе 22 обрСпН прибыл в августе 1988 года к новому месту постоянной дислокации н. п. Перекешкюль Азербайджанской ССР (КЗакВО). Не успев обустроиться, 23 ноября 1988 года отряд был привлечен для выполнения задач по поддержанию конституционного порядка в г. Баку. Располагаясь в Кировском районе города — месте компактного проживания армян — отряд нес особую нагрузку по предотвращению актов насилия и грабежей, направленных против них. Особенно трудным был 1989 год. В период с апреля по июнь 1990 года и с мая по июль 1991 года отряд принимал участие в урегулировании конфликта в Нагорном Карабахе. Группы отряда, действуя на территории Армении в районе н. п. Наямберян и Шавар Шаван, уничтожили 19 градобойных орудий, которые обстреливали населенные пункты Азербайджана. В июне 1992 года 173 ооСпН в составе 22 обрСпН был передислоцирован в пос. Ковалевка Аксайского района Ростовской области (СКВО), где и располагается в настоящее время. Так же не успев обустроиться, отряд 6 ноября был привлечен для урегулирования осетино-ингушского конфликта. На его начальном этапе разведгруппы отряда вели разведку мест дислокации незаконных вооруженных формирований чеченских и ингушских боевиков на территории Северной Осетии и Ингушетии. В дальнейшем на отряд была возложена задача по охране Временной администрации, сопровождению грузов гуманитарной помощи, а также по эвакуации мирного населения из района конфликта. В августе 1994 года отряд вернулся в п. п. д, однако спустя три месяца вновь покинул расположение части и ко 2 декабря 1994 года находился уже в Моздоке — начиналась Чеченская кампания. Разведорганы отряда участвовали в ней с самого начала, ведя разведку в интересах войск и, в частности, в интересах корпуса генерала Рохлина перед и во время штурма Грозного.
До июня 1995 года отряд вел активные боевые действия против незаконных вооруженных формирований Чечни, не имея в своем штате боевой техники. Но к указанному сроку неоднократные просьбы командования отряда были удовлетворены и батальон получил новое штатное расписание, согласно которому первая рота «садилась» на БМП-2, а вторая и третья на БТР-70. Как и в Афгане, в их штат включили группы оружия, которые состояли из двух отделений АГС-17 по три расчета в каждом и отделения ПТУР по три расчета ПТУР «Фагот» или «Конкурс». На базе взвода мат. обеспечения была развернута рота. В штат ввели инженерно-саперный взвод, но объединить его и группу минирования в роту так и не удалось. В отряде появился свой медпункт на 10 коек — автоперевязочная АП-66. Этот штат позволял отряду действовать вполне автономно.
В июне 1995 года подразделение отряда принимало участие в Буденовских событиях, патрулируя на вертолетах окрестности города и предотвращая отход из него боевиков.