Борьба с поставками вооружения оппозиции из Пакистана, пресечение свободного передвижения моджахедов по территории Афганистана потребовали перекрыть основные караванные пути и маршруты передвижения, которыми пользовались бандформирования. С этой целью в 1985 году была создана оперативная группа "Завеса". Для оперативного управления соединениями и частями специального назначения, а также выделенными из их состава группами и отрядами, организации и поддержания взаимодействия с общевойсковыми соединениями и частями, частями родов войск и служб была сформирована группа управления "Экран". Группа возглавлялась заместителем начальника разведки армии по специальной разведке и по штату входила в состав разведотдела армии. Однако боевая практика показала, что боевое применение соединений и частей специального назначения по целям и задачам вышло за рамки разведывательного обеспечения боевых действий. Разведывательное управление армии функционально было не в состоянии в необходимом объеме спланировать боевые действия соединений и частей специального назначения, организовать огневую и авиационную поддержку действовавших формирований, организовать и непрерывно поддерживать тесное взаимодействие с общевойсковыми соединениями и частями, соединениями и частями родов войск и служб. Такие задачи целиком и полностью относились к функциям оперативного управления, других управлений, отделов и отделений штаба и управлений армии. Поэтому ежемесячные планы боевых действий рассматривались и утверждались не начальником разведки, как это предписывалось руководящими документами и практически исполнялось на фронтовых учениях в мирное время, а начальником штаба армии. Непосредственное руководство боевыми действиями соединений и частей специального назначения также осуществлял не начальник разведки, а руководитель оперативной группы "Завеса" - заместитель начальника штаба армии.
Применение специальных методов ведения войны моджахедами оказало влияние не только на действия сухопутных войск, но и авиации. Появление у бандформирований крупнокалиберных пулеметов, зенитных установок, переносных зенитных ракетных комплексов вначале советского производства, а затем американских "Стингеров" и английских "Блоупайпов" существенным образом повлияло на тактику действий ВВС 40-й армии, заставило привлекать значительные силы для создания зон безопасности в районах аэродромов. Применение моджахедами ПЗРК в районах аэродромах во время взлета и посадки самолетов и вертолетов, на обычных маршрутах их пролета, а также для противовоздушного прикрытия районов базирования и самих бандформирований в ходе боевых действий показало высокую эффективность использования ПЗРК диверсионными формированиями. Так, за девять лет войны вооруженными отрядами оппозиции было уничтожено 114 самолетов и 332 вертолета ВВС ОКСВ, а также 120 самолетов и 169 вертолетов афганской армии{140}.
В 1981 году во время обучения в Военной академии им. М.В. Фрунзе автор в дипломной работе обосновал и защитил предложение о формировании в составе бригад специального назначения подразделений ПВО, оснащенных ПЗРК и предназначенных для борьбы с воздушными целями в тылу противника. Однако предложение было отвергнуто руководством соответствующего направления ГРУ ГШ по причине несоответствия задач ПВО целям и задачам военной разведки.
После вывода советских войск из Афганистана организационно-штатная структура 15 и 22 бригад СпН в 1989 году была существенно изменена. Бронированная боевая техника, автоматические гранатометы, средства управления, обеспечивающие формированиям специального назначения связь в реальном масштабе времени со штабами, авиацией и артиллерией, в том числе космические средства связи, были изъяты из бригад по причине несоответствия задачи противодиверсионной борьбы целям и задачам военной разведки. Девятилетняя борьба соединений, частей и подразделений специального назначения с иррегулярными вооруженными формированиями была признана исключительным, не типичным случаем их боевого применения. В результате такого подхода при разработке нового Руководства по боевому применению соединений, частей и подразделений специального назначения, введенным в действие в 1991 году, задачи борьбы с иррегулярными вооруженными формированиями противника не были включены в перечень специальных задач.